历史中，
直施行着间断禁食——因为宗教教义
需要。实际上，每种主要宗教，比如基督教、伊斯兰教、犹太教、印度教、佛教及许多其他宗教，都将禁食作为其文化和教义部分。好像如果不对饮食做出些规定并偶尔禁食话，就不能创立出种新宗教。大部分为人所接受宗教饮食习惯都被认为对健康有好处，禁食肯定也不例外。[254]
野生动物会自然地禁食。如果检测冬眠动物比如松鼠在冬眠前后排泄物就会发现，它们肠道菌群表现出很大季节性差异，而且这种差异是对健康有益。在春天苏醒并重新进食两星期后，有益丁酸盐水平升高，肠道菌群达到最丰富多样性。冬眠中以肠道内壁脱落细胞为食细菌大量繁殖，而依靠食物为生细菌不见踪影。[255]比如缅甸蟒（Burmesepython），体长可达18英尺，除
老鼠和野猪，还吃许多其他动物，但吃上顿就往往不知道什
时候还能再吃下顿。这意味着它们不得不长期禁食，有时长达个月，禁食期间它们胃会缩小。勇敢研究人员检查蟒蛇粪便，发现禁食后它们肠道菌群出现与冬眠松鼠相似改变，而在饱餐顿两天之后肠道菌群组成又会发生巨大变化。[256]似乎禁食导致微生物组成变化这现象在动物身上很常见。
小鼠实验表明，如果扰乱它们夜间进食习性而让它们像人样日三餐，它们肠道菌群会呈现出不健康状态，而且天然每日节律变化也会消失。如果把进食都压缩到6～8小时之内，剩下18小时不进食，小鼠会变得更健康、更苗条，甚至能对抗高脂饮食带来害处。[257]在禁食状态下最活跃细菌名为阿克曼氏菌（Akkermansia），它以肠壁脱落细胞为食，将其从体内清除，并能神奇地促进其他种类细菌多样性。不过，如果禁食太久，这种细菌会破坏肠壁并且带来健康问题。在美国和英国肠道项目开展初期研究中，
们发现禁食组肠道菌群改善最显著，多样性大大增加。
如果短期禁食对肠道菌群有益，们是不是应该改变进餐次数呢？
早餐是天开始——果真如此？
直以来广为流传营养学理论认为们应该有规律地进食，避免扰乱身体代谢和饥饿后,bao食。另个观点是三餐间隔应该均等，帮助消化。主动禁食做法在许多人看来不合常理，但实际上大多数人每天晚上都有10～12个小时是没有进食，而这对健康没有丝毫影响。那为什不能白天超过4～6个小时不吃，既不喊饿也不吃零食呢？英国人对必须吃早餐维持身体正常代谢这观念更为执着。1/3以上西班牙人、法国人和意大利人早上什都不吃，有些人只在公交站喝杯意式浓缩咖啡。他们看起来很健康，而且大多数时候直到下午2点前基本上不吃什。
事实上们都被早餐谷物公司广告给洗脑，而些质量不高横断面研究结果也对人产生误导。这些研究声称不吃早餐和肥胖、血糖代谢紊乱及日中晚些时候,bao食有关。[258]这些研究缺陷在于它们都是规模较小横断面研究，
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