，就没办法保护自己。现在，麦哲伦找到
对付他们
办法。他将凭借着勇气再次控制整个船队。他知道，
些反叛船长希望他攻击“圣安东尼奥”号，这是由这条船大小所决定，而且他表哥也被囚禁在那里，谋反主要策划者克萨达也在这条船上。但麦哲伦认为要出其不意，于是，他决定先夺回“维多利亚”号，这条船船长路易斯·德·门多萨（LuisdeMendoza）也更容易被打败。这次反攻由两艘大划艇负责。较大这艘可以在风力推动下搭载15名全副武装水手，由杜亚特·巴博萨带领。另外艘较小由贡萨洛·戈麦斯·德·埃斯皮诺萨（GonzaloGómezdeEspinosa）带领，他是船队水手长和卫队长，尽管只带领5名水手，但他任务却十分重大——先发制人，发动佯攻。
戈麦斯率领船只逐渐逼近“维多利亚”号，并且自称携带麦哲伦亲笔信。门多萨并没有将这艘小船放在眼里——他船上有60名西班牙人——因此同意戈麦斯上船。这是个精心设计陷阱，因为戈麦斯这边分散水手们注意力，而巴博萨率领小分队在浓雾掩护下，悄悄地绕到“维多利亚”号背面。
麦哲伦在信中直言不讳地要求门多萨归顺旗舰。看完这封信后，这个西班牙人对这个如此明显陷阱不屑顾，嘲弄地大笑：“你不可能在这儿抓住
！”但他笑声突然停止——戈麦斯突然在他咽喉上划刀。这是给巴博萨发出信号，随后他们跳上甲板，从背后袭击叛乱者。就这样，在几分钟之内，他们便收回“维多利亚”号。巴博萨命令升起船帆，在其他两条船还未察觉时，“特立尼达”号、“圣地亚哥”号和“维多利亚”号就已经形成条坚固防线，横跨在整个海湾口，截断唯出口。最终，绝望两艘船只好选择投降。梅斯基塔被释放出来，随后担任军事法庭法官。星期六，他表弟麦哲伦宣布判决。
麦哲伦清楚要继续航行，就需要更多人手。因此，除克萨达、卡塔赫纳和个挑起叛乱西班牙新教徒，他赦免所有叛乱者。只有克萨达犯谋杀罪，必须被判处死刑。但由于他是名贵族，所以最终被处以绞刑。他随从路易斯·德·莫里诺（LuisdeMolino）也杀人，但莫里诺争辩他只是执行命令。麦哲伦权衡利弊之后，告诉他如果亲手砍掉克萨达头颅，就饶他命。这是个恐怖选择，虽然这件事不会让莫里诺花太多时间。按照当时惯例，门多萨和克萨达这两位挑起叛乱船长尸体会被开膛肢解，然后把这些血淋淋、腐臭肢体悬挂在竹竿上，以示众人，警示那些企图反叛人。
这是19世纪出版本书籍中插图，描绘戈麦斯突袭门多萨场景。
麦哲伦放过曾经在国王身边担任重要职位卡塔赫纳和个曾涂圣油牧师。他不会亲手杀掉这两个人，但是又不能囚禁着这两个人环游世界。因此，他们会被直囚禁，直到船队离开圣胡利安湾。8月24日，当这5艘船起航继续向前航行时，这两个人则被遗弃在寒冷海滩上，只给他们留下点酒和食物。麦哲伦
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