大营惨败，朝廷肯定会调整有关政策——半月以后，湘军大营收到消息，对于江南大营被破事件，咸丰非常愤怒，下旨将逃到上海
何桂清革职逮问；军机大臣彭蕴章革职。听到这样消息，曾国藩稍感愉快
些，何桂清直跟曾国藩不和，彭蕴章更是个嫉贤妒能小人。这些人不在台上，对曾国藩当然是好事。
1860年6月李秀成攻克苏州，形势对于清廷变得越来越不利，朝廷不得不打曾国藩和湘军这张牌
——个好消息传来——6月8日，朝廷着曾国藩署理两江总督，令统率所部兵勇，取道皖南，恢复东南。8月上旬，朝廷实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，所有大江南北水陆各军均归节制；又将杨岳斌、彭玉麟统率湘军水师拨归曾国藩节制调遣。
接到上谕那刻，曾国藩长吁口气，终于感到扬眉吐气。曾国藩得到，不仅仅只是官位，更重要，还是承认。从开始组建湘军起，曾国藩就直在不信任甚至打压中度过。或许朝廷清楚地知道，曾国藩之所以挺身而出，只是为维护汉民族数千年文化道统，对于满族朝廷，并不是油然于心。曾国藩感到欣慰是，朝廷此番决定，对湘军各方情形有利，尤其是那些抗战兄弟们，会因此有些名分，对于今后前程，也会有利些。身处两江总督位置，曾国藩担心点是，太平军在苏南带势头正旺，力量倍增，此时让他督办江南军务，压力是可想而知。在家信当中，曾国藩流露出自己情绪：担当此重任，深感害怕，最担心是跟前任样，遭受失败，让自己家人蒙羞。这样事，真不知是祸还是福，只有自己辛勤地做事吧，以报效朝廷。
有个小插曲，足以说明曾国藩做人准则——曾国藩接到上谕后，幕僚提醒说，在任命过程中，新上任军机大臣肃顺起到非常大作用，是因为肃顺举荐，咸丰才下决心让曾国藩担当两江总督。建议曾国藩给肃顺写封感谢信，这样对曾国藩以后升迁也有好处。曾国藩考虑番后，没有写这封信，他觉得自己担任两江总督是朝廷任命，不是哪个人原因，如果硬要归功某个人话，就把是非搞颠倒。曾国藩只是给皇上上个折子，以谢龙恩。等到咸丰去世，慈禧联合慈安以及咸丰两个弟弟发动宫廷政变，杀掉肃顺之后，在肃顺家找到个密封大箱子，里面装都是全国各地命官给肃顺效忠信，几乎所有人都有，唯独没有曾国藩。这下，也让慈禧对曾国藩有个很好认识，确认曾国藩是忠于朝廷大臣，也敢用曾国藩。次阴差阳错经历，足以说明曾国藩处事原则和处事方法。
应该说，曾国藩就任两江总督，不仅仅是曾国藩个人转折点，也是战争个转折点，甚至可以说，是中国近代史上个关键点。正是满族君主政体和汉族上层分子中领袖人物融为体所造就强大保守联盟，才使得这个腐朽王朝苟延到二十世纪。同时传来好消息是：朝廷同意曾国藩请求，在全国推广厘金制度。这件事，让曾国藩非常高兴。这样，湘军军事供给就有很大保障，最起码，会比以前状
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