其次，凶手武士英被捕后，忽然,bao毙狱中；已抓捕
直接主谋应夔丞在数月后，竟然越狱逃之夭夭；最后只剩下
被供出主谋，原内务部秘书洪述祖。洪述祖把所有责任都揽在自己身上，承认所有事情都是自己做，他辩解说：之所以策划杀宋教仁，是“满怀报国之情”，是为揭露宋教仁，“使世人认清这位g,m领袖真面目”，
切与他人无关。番调查之后，没有项确凿证据能证明洪述祖所做，是赵秉钧或者是袁世凯暗中指使。即使是在应夔丞处查到与赵秉钧通电和信件，也是围绕取缔共进会和秘密结社主旨，不能直接推论赵秉钧参与指挥刺杀宋教仁事。上海地方检察院曾几次通过北京地方检察院传赵秉钧来上海对质，赵秉钧都以走不开为托词推脱。虽然案件直没有突破性进展，但社会上舆论已明显对赵秉钧和袁世凯不利。赵秉钧和袁世凯承受巨大压力。
3月30日，国民党本部在北京召开宋教仁追悼大会，千多人参加追悼会。赵秉钧特派亲信王治馨为代表参加。悲恸国民党人看见赵秉钧代表，群情激愤，纷纷指责宋案为赵秉钧所为，要求赵秉钧到会说明情况。王治馨情急之下，大声辩白说：“洪述祖虽然是内务部秘书，但他行为系个人行为，与赵总理无关，总理对此毫无预闻。
这里有洪述祖与应夔丞来往电文，请主持会议吴景濂先生查收。现在有人要杀宋先生，但绝不是赵总理！赵总理不能对此事负责，此责自有人负！”王治馨说法显然意有所指。这事件被登到报纸上后，又引起番新骚动。
4月3日，赵秉钧在北京《新纪元报》上发表段谈话，说：“和宋教仁，任内务总长，任农林总长，以同僚而为至友，他住在西直门外农事试验场，离城十里，有时天晚来不及出城，他总住到家中，们感情甚洽，无话不谈，他离北京南下时，欠五千余元债，都是替他还。”赵秉钧这段自白，又引起场轩然大波。
为避免更大纷争，不久，赵秉钧称病，向袁世凯递交辞呈，住进家法国医院。袁世凯解除赵秉钧总理职务，安排他离开北京去天津就任直隶都督。段时间之后，赵秉钧突然,bao毙而亡。虽然社会上传闻说袁世凯在给赵秉钧送去新疆葡萄里注射剧毒，从而杀赵秉钧，但袁世凯在赵秉钧逝世后沉痛态度，又使很多人对这种说法半信半疑。毕竟，赵秉钧得罪人太多，即使是被杀，谁杀他都有可能。赵秉钧死，使得“宋教仁案”更成人们注目“惊天大案”。有人推测，袁世凯极可能就是幕后元凶；另些人则不以为然，认为以袁世凯自身强大实力、难以撼动地位和声望，以及做事从不鲁莽风格，根本不会出此下策暗杀宋教仁。毕竟，宋教仁在当时并没有对袁世凯造成直接威胁，袁世凯犯不着为此丢弃形象和声望。还有些人对事件持无所谓态度，因为当时社会m;主并没有形成风气，皇权和专制思想仍在，在他们看来，如果总统要杀两个“臣子”，不管方式如何，不值得大惊小怪。由于没有确凿证据，特别法庭迟迟无法判决，巨大问号直高
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