门徒中有些人抱怨陆军对曼哈顿计划不得法
管理是在浪费宝贵时间。1943年3月，洛斯阿拉莫斯实验室开放时距离发现核裂变已经过去4年，大多数参与该项目物理学家都认为，他们德国同行至少已经领先2年。带着这种强烈紧迫感，他们对军队过度安保措施、拖沓官僚作风及那些造成拖延行为都感到怒不可遏。那年夏天，菲利普·莫里森从冶金实验室发出
封“致奥比”信，他在信中报告说：“去年冬天那种工作干劲儿似乎已经消失殆尽。
们与承包商关系糟糕至极……最终结果令人无法接受，这样下去根本无法在短时间内获得成功。”芝加哥实验室十几位年轻科学家异常担忧，他们联署封信给罗斯福总统，信中说他们“清醒地意识到这个项目正在浪费时间。军队依然在用例行指挥方式……”现在速度就是切。然而，陆军并没有听取“那几位在这个新领域有发言权科学领袖意见。这样行事方式正在危及们国家生存”。
3周后，也就是1943年8月21日，汉斯·贝特和爱德华·泰勒在给奥本海默信中诉说他们对项目进度不满。“最近报纸报道和情报机构报告都表明，德国可能拥有种强大新型武器，预计将在11月到次年1月之间准备就绪。”他们警告说，这种新武器很可能就是“合金管”——英国人给原子弹代号。他们写道：“如果真是如此，那
后果无须多言。”他们随后抱怨说负责生产核弹级铀原料私营公司拖后腿，他们认为解决办法就是“为额外项目提供足够资金，由那些对整个生产流程最有经验科学家直接管理”。
奥本海默和他们样担心项目进度。他也发愁他们可能会落后于德国人，所以他只能更卖力地工作，并敦促他手下人也加倍努力。
作为科学主任，奥本海默在洛斯阿拉莫斯近乎拥有绝对权威。尽管表面上他与位军事指挥官共同管理这里，但他直接向格罗夫斯将军报告。第任驻地指挥官约翰·M.哈蒙中校与科学家们争执不断，结果他在任职仅4个月后，就于1943年4月被撤换。他继任者惠特尼·阿什布里奇中校明白自己工作就是尽量减少双方摩擦，让科学家们满意。阿什布里奇恰巧是洛斯阿拉莫斯牧场学校毕业生，他直任职到1944年秋，当时因为劳累过度，精疲力竭，他犯轻微心脏病。取代他是杰拉尔德·R.泰勒上校。所以，奥本海默在任期内经历三位陆军指挥官。
安保措施直是个令人头疼问题。陆军安全部门度在奥本海默居住“浴缸排”外面部署武装警卫，卫兵要检查所有人通行证后才能允许他们进入房子，姬蒂也不例外。但是她出门时经常忘带通行证，每次被拦住时，她都大吵大闹。不过，她发现这种安排也并非无是处，作为个总能抓住机会人，姬蒂偶尔会让卫兵们帮忙照看彼得。后来具体负责此事中士意识到这点，他就撤走卫兵。
作为与格罗夫斯将军达成协议部分，奥本海默同意任命个三人委员会负责内部安全事务。他任命他助手戴维·霍金斯、约翰·曼利及化学家乔·肯尼迪为委
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