在座
许多人）都明白，如果他们急于在核武器方面“保持领先地位”，就肯定会推动苏联与美国展开军备竞赛。伯恩斯这种自相矛盾观点简直令人目瞪口呆，但是阿瑟·康普顿还企图粉饰太平，他强调通过“不受限制研究”保持美国领先地位及同时和苏联达成“合作谅解”都很重要。得出这个模棱两可结论后，委员会于下午1点15分休会，之后是
小时午餐时间。
午餐时，有人提出
对日本使用原子弹问题。虽然没有任何书面记录，但是当正式会议复会时，大家仍在讨论即将进行轰炸可能造成影响。史汀生贯对各种决策政治影响非常谨慎，为让讨论可以继续，他调整会议议程。有人说，比起那年春天对几座日本城市发动大规模轰炸，颗原子弹威力大不到哪里去。奥本海默似乎同意这说法，但他补充说：“原子弹爆炸时将看起来极为惊人，随之而来是片耀眼光亮，它高度可达10000~20000英尺。爆炸中释放中子至少对离它三分之二英里内生命会构成威胁。”
在讨论“各种类型爆炸目标及其后果”后，史汀生部长进行总结，他总结似乎代表与会者普遍共识：“……
们不能给日本人任何预警，们也不会把平民区作为目标，但是们应该尽可能让更多当地居民留下深刻心理印象。”史汀生说，他同意詹姆斯·科南特建议，“最理想目标是个有许多工人重要军工厂，而且紧邻工人住宅”。于是，作为哈佛大学校长，詹姆斯·科南特用这种委婉说法选择将平民作为世界上第颗原子弹目标。
奥本海默对轰炸目标选择没有表示异议，相反，他似乎还提出是否可以同时发动多处袭击，他认为多点核弹轰炸“是可行”。格罗夫斯将军否决这个想法，接着抱怨说，这个项目“从开始就受到某些科学家干扰，这些科学家判断力和忠诚度都值得怀疑”。格罗夫斯想到利奥·西拉德，他刚刚得知西拉德曾试图与杜鲁门会面，并劝说总统不要使用原子弹。在格罗夫斯发表评论之后，会议记录表明，与会者“同意”在原子弹投入使用后采取措施把这些科学家剔除出该项目。奥本海默似乎默许这种清洗行动。
最后，有人问科学家可以向自己同事透露哪些临时委员会讨论内容，提问人可能就是在场科学家之。委员会同意出席会议4名科学家“可以自由地”告诉他们同仁，他们与个由战争部长主持委员会进行磋商，他们享有“充分自由，可以就该议题方方面面发表自己看法”。讨论到此为止，会议于下午4点15分休会。
在这场关键讨论中，奥本海默态度显得暧昧不明。他不遗余力地宣传玻尔观点，认为应该及时告知苏联人即将出现新武器。他甚至说服马歇尔将军，但是伯恩斯成功地阻挠这提议。另外，当格罗夫斯将军明确表示要解雇西拉德这样持不同意见科学家时，他显然觉得保持沉默是明智之举。而且，当科南特委婉地提出他所谓“军事目标”——“个有许多工人重要军工厂，而且紧邻工人住宅”时，奥本海默既没提出其他选择，更没有进
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