献帝从长安动身东迁时，曹操已经击走吕布，正忙于围攻固守雍丘
张超，但胜负大局已定，因此献帝在兴平二年（195）十月正式任命曹操为兖州牧。十二月，曹操拿下雍丘，兖州全境平定。建安元年（196）正月，曹军进抵武平，袁术所任命陈国相袁嗣投降。由于在汝南、颍川两郡活动黄巾军余部何义、刘辟、黄邵、何曼等人各拥兵数万，开始追随袁术，后又依附孙坚，对曹操造成
定威胁，因此曹操又在二月对他们展开攻击，杀死
、并进而西迎献帝、总揽朝政创造
有利条件。
二洛阳朝见
兴平二年（195）二月，凉州军将领发生火并。李傕先杀死右将军樊稠，接着又同郭汜互相攻杀。郭汜想把献帝从宫中转移到自己兵营中来，李傕得知消息，抢先动手，劫走献帝，烧毁宫殿。献帝让太尉杨彪、司空张喜等公卿大臣到郭汜营中为二人调解，又被郭汜扣作人质。双方在长安城内外，混战好几个月，造成上万人死亡，混战中有时乱箭直飞到献帝面前。
六月间，李傕部将杨奉叛变，带走不少兵力，李傕力量有所削弱。另个凉州军将领张济从陕县前来为二人调解，双方同意讲和，被劫持献帝和公卿大臣得以获释。
献帝获释后，郭汜想让他住在长安东北高陵，以便就近控制，公卿大臣及张济则主张前往弘农，双方争执不下。献帝自己想东归洛阳，也同意先去弘农，多次派遣使者去对李傕、郭汜提出这要求。结果双方达成妥协，献帝先到附近县城屯住。
八月，献帝来到新丰。十月，郭汜又想胁迫献帝西迁郿县，乘夜放火焚烧献帝住处，献帝逃到杨奉营中。杨奉带兵击败郭汜，郭汜逃往终南山。
献帝继续东行，来到华阴，在路边露宿。十二月，到弘农。张济、李傕、郭汜又联合起来，追截献帝，在弘农境内与杨奉和董承展开激战，杨奉、董承战败，百官士兵死伤甚众。杨奉、董承表面上同李傕等讲和，暗中招来河东白波军将领胡才、李乐和韩暹等助战，又把李傕等打败，继续护卫献帝东行。李俺等前来追击，再次将杨奉等打得大败。献帝来到陕县，结营自守。
这时献帝御林军已不足百人，李傕、郭汜士兵绕营呼叫，官吏兵士无不惊恐失色，都有离散而去之意。杨奉等连夜商议北渡黄河。献帝来到河边，岸高十余丈，无法下去，只得用绢拴在腰上慢慢放下，其余人或匍匐而行，或纵身下跳，死亡伤残，难以数计。临上船时，士兵争先恐后。董承、李乐怕船超载，以戈相击，船中断指不计其数。跟着献帝起渡过黄河，只有伏皇后、宋贵人、杨彪、董承等数十人。
渡河来到大阳，住在百姓家中。百官饥饿不堪，幸好河内太守张杨送来粮食，才算解燃眉之急。接着，献帝乘上牛车，来到安邑，河东太守王邑送来衣物。献帝住在用荆棘围成篱笆内，门户无法关闭，与群臣会见时，士兵伏在篱笆上观看，互相打闹嘻笑。将领往往自己带来酒菜求见献帝，如果侍中不给通报，就大声呼喝詈骂。皇帝威仪，扫地以尽。
建安元年（196）六月，因粮食发生恐慌，献帝在杨奉等人护送下，来到闻喜。接着渡河南下，在七月间回到故都洛阳。
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