1898年12月，章太炎抵达台北。1894年甲午战争中国战败，台湾被割让给日本。1896年，时任台湾总督
桦山资纪将“六三法”作为很长
段时间里日本侵占台湾“基本法”。该法律依据委任立法制度，将管理台湾大权交予总督，总督可以不受日本法律限制，不受日本帝国议会监督，除
军政与军令，还掌握行政、立法、司法、财政等权力，并可根据台湾特殊情况颁布各种严刑峻法，镇压台湾民众抵抗运动。1898年，身为日本陆军中将儿玉源太郎出任台湾总督，后藤新平任民政长官。后藤根据所谓“生物学”理论，认为需要细化日本对台湾侵占。他不求迅速改变台湾民众风俗习惯，而是主张要利用台湾民众“劣根性”来进行有针对性统治，特别是在高压统治之余，还需施以小惠，造成台湾民众内部分裂。与此同时，儿玉源太郎与后藤新平加强台湾警察力量，增添警察人数，让警察直接参与行政管理，将警察与保甲制度相结合，密切监视台湾社会，捕杀抗日人士，造成台湾近代史上十分恶劣“警察政治”时代。
虽然日本侵略者此时在台湾推行高压统治，但对于章太炎这样来自大陆青年名士，他们还是打算笼络，希图借此彰显日本侵略者对中国传统文化重视，可以在台湾本地读书人群体中收买人心。章太炎抵台后不久就被聘至《台湾日日新报》，为该报撰写文章。对于日本侵略台湾政策与意图，章太炎时间似乎还不能详细辨明。或许是出于对清z.府镇压变法运动不满，他度对日本侵略统治产生某种幻觉。他还设想中国能与日本结为同盟，然后大力经营长江流域，抵御沙皇俄国侵略中国北方野心。1899年1月，儿玉源太郎赠送给章太炎幅《帝国名胜图》，章太炎特意赋诗首来答谢。同样在该年1月，章太炎致信汪康年，谈及自己在台见闻，认为在这里有几位日本学者与自己相谈甚欢，其中以馆森鸿最为相契。
馆森鸿对中国儒家典籍颇为熟悉，并且推崇清代汉学，尤为敬重被视为清代汉学开山之顾炎武，同时还很钦佩戴震，这与章太炎学术立场十分相似。在文教水平还不是很高台湾能遇见与自己畅谈学问之人，章太炎自然深感快意，于是与馆森鸿订交，在起讨论中国传统学术。由于馆森鸿曾编撰日本明治维新时期著名人物传记，而章太炎则刚刚经历场以失败告终“革政”，因此他感到与馆森鸿有不少共同语言。也正是通过馆森鸿，章太炎开始对日本近代汉学有初步认识。后来馆森鸿整理日本汉学家照井泉都遗著，章太炎特意为其撰写序文。在章太炎看来，照井氏“礼乐、汤武、封建诸论，矩则荀子，最为闳深，以是洞通古义，而挹注九家，以说《庄子》，以训《四书》，不易其轨。盖自嬴吕以至于今，有照井全都，然后荀子由孽于东海”。“当西汉之朔，传荀学者，独伏、贾、董、韩诸明哲耳。其后若没若灭，陵夷至于宋明耗矣。日本之有文字，昉于应神，而当晋太康，是时荀学则已失其纲纪。全都生千四百纪以后，独能高厉长驾，引其微论，钓既沉之九鼎，而出之绝渊，其学术虽在伏、贾
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