枝节，起初也不是特别卖力。袁树勋
上司，时任两江总督魏光焘态度也和俞、袁二人差不多。真正主张严办章太炎等人是两位地方大员端方和张之洞，尤其是张之洞，为
显示自己对清z.府忠心，以及与戊戌年间主张变法人坚决划清界限，极力建议清z.府严惩苏报案中人。
1903年6月29日，工部局派警探去苏报馆搜捕，带走报社账房程吉甫。本来章太炎是有机会躲避追捕，但由于他疏于警戒，加之有比较强烈志士心态，因此并未在工部局来寻找自己前进行躲避，而是依然留在爱国学社中，遂被工部局逮捕。而邹容本已迁居至虹口，且与苏报馆并无很深往来，但由于收到章太炎让自己与他共赴难来信，为彰显自己恪守有难同当兄弟义气与不惧危险英雄气概，邹容选择主动投案。当然，也正因为邹容因年轻而在性格与思想上都不太成熟，导致后来被判监禁之后，他情绪激动，精神反常，最终惨死狱中。
1903年7月15日，租界会审公廨组织额外公堂对章太炎和邹容进行审讯，清z.府特意委托律师来提出控诉，控辩双方及其律师在庭上展开辩论。在时人眼中，过去
直至高无上朝廷此刻竟然和两位“要犯”同台辩论，这本身就是件闻所未闻之事，这既扩大章太炎等人知名度，使他们观点更广为人知，又加强时人对清z.府不屑之感。在某种程度上说，这场审讯已经是在变相传播g,m思想。
在苏报案处理问题上，清z.府要求租界当局将章太炎与邹容转交给自己，然后重判其罪状。可租界当局为突显治外法权重要性，反对清z.府诉求，主张要在租界内审理此案。当然，对于租界当局来说，拒绝将章太炎和邹容交给清z.府，还是个很好彰显其管理体制如何“文明”机会，因为他们很清楚，旦章太炎和邹容落入清z.府之手，下场定很悲惨。因此，他们不会直接以治外法权为借口来拒绝交出章太炎和邹容，而是借“法治”与“言论自由”之名来表达立场。此外，由于该案发生在租界内，不仅租界当局有自己考量，列强之间也充满着盘算。其中，由于在长江流域有巨大经济利益，所以英国z.府出于维护租界地位考虑，坚决反对将章太炎和邹容移交给清z.府，同时深度介入该案审判过程。法国与俄国则支持清z.府诉求，希望以此换取后者对自己依赖，但后来在英国游说之下，法国z.府逐渐改变政策。日本z.府鉴于与英国同盟关系，因此表面上和后者保持致，但在与清z.府单独交涉中，则透露出不会庇护苏报案犯人态度。最终，1904年5月，租界会审公堂判决章太炎监禁三年，邹容监禁两年，《苏报》被永久停刊。
作为苏报案亲历者，对于该案影响，章士钊说：
前清末造，士夫提倡g,m，其言词之间，略无忌讳，斥载湉为小丑，比亲贵于贼徒者，惟香港、东京之刊物能为之，在内地则不敢，抑亦不肯。洵如是者，词锋朝发，缇骑夕至，行见朋徒骇散，机关捣毁，所期者必不达，而目前动乱之局亦难于收摄也。此其机缄启闭，当时明智之士固熟思而审处之。然
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