法制止。但章生性奇侠，不予采纳，宁愿单身上阵。据称章以外之领袖诚恐伤害日本朝野之感情，因而衷心感到忧虑”。其结果是，章太炎
介书生，仅凭文字言辞，自然不能扭转日本统治阶级
意志，《民报》被迫停刊。
当《民报》陷入经济困难时，章太炎与陶成章等人策划让后者去南洋筹款。但此时孙中山已命汪精卫等人在南洋开展工作，看到陶成章也来此地，并且颇有声势，汪精卫等人觉得他是来与自己“争地盘”。据时人描述：“成章在英荷各属运动，孙文、胡汉民皆作书止之。成章至网甲岛之槟港，某某（按：指孙文）又诬成章为保皇党，嗾人暗杀成章，幸赖李燮和力为剖白，始免于难。”陶成章在1909年9月封信里也提到“孙文妄指弟为保皇党及侦探”。在该月另封信里，他直言自己“与中山已不两立”。在此情形下，陶成章发表《南洋g,m党人宣布孙文罪状传单》，将自己与孙中山等人矛盾公之于众，指责孙中山蒙蔽、残害同志，要求开除孙中山总理之名，将其罪状遍告海内外。
与此同时，正当《民报》被迫停刊不久，孙中山授意汪精卫、胡汉民等人筹备《民报》复刊事宜。汪精卫等人未与章太炎商议，擅自编辑出版新《民报》，托名在法国巴黎发行。这举动意在将章太炎排除在《民报》编辑事务之外。这对于刚刚为
《民报》停刊事向日本z.府激烈抗议章太炎而言，是完全无法接受，等于说彻底无视他为《民报》而付出心血，把他看作用完即可扔掉工具。对此，章太炎公开发表《伪〈民报〉检举状》，详细揭露孙中山、汪精卫等人为把持《民报》而搞小动作。
陶成章与章太炎这两篇文章将g,m党内部裂痕进步公开化，造成十分严重政治后果。孙中山等人自然不会坐视自己被攻击，他们联合黄兴，制造出起声势更为浩大批判章太炎风潮。而在黄兴眼里，章太炎竟敢质疑孙中山，此举属于“神经病之人，疯人呓语”，理应被批判。更有甚者，他还以章太炎有“破坏团体”之罪为借口，派人前去恐吓章太炎。
在当时g,m阵营里，如果说有人在学术上能和章太炎比肩，那
非刘师培莫属。他出身经学世家，同样继承清代汉学传统，对《左传》也深有研究，时人甚至认为他在学术功力上更胜章太炎筹。刘师培也在庚子事变之后不久开始宣传g,m，其政论文章有不小影响。章太炎视这位比自己年轻15岁g,m同志为学术上知己，经常与他讨论经学和小学。不过刘师培在政治立场上变动极快。他先是宣传反清g,m，到日本之后受到无z.府主义影响，迅速成为其服膺者，创办报刊，宣传无z.府主义理念。当1907年g,m形势陷入低潮时，刘师培又试图重新与清z.府建立联系。在妻子何震与姻弟汪公权怂恿下（何震与汪公权有私通行为），刘师培秘密投靠清廷大员端方。为赢得端方信任，刘师培夫妇向其策划，由端方给章太炎笔钱款，让当时因g,m党内部纠纷而倍感忧愤章太炎退出g,m阵营，出家为僧。而在与章太炎说明此事时，刘师培夫妇却故意含糊其词。对友人无防范之心
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