帝国军击败。同时，位于阿尔比恩
十字军在多佛海峡遭到艾丝缇军队顽强抵抗后被迫撤退。接连战败让弗兰契斯柯感到绝望，最终，他决定使用核武器……在核武器攻击下，帝国第二大城市提米索拉（Timisoara）被毁灭。弗兰契斯柯第二个目标是帝国首都拜占庭和阿尔比恩首都伦迪尼姆。
11、为
防止核攻击，塞丝不得不解开隐藏在帝国宫殿方舟重启封印，打算利用卫星轨道上方舟所搭载卫星炮来摧毁教皇厅核军事基地。然而，这正是该隐所期待。
旦塞丝揭开封印，该隐就能进入系统，让狄特里希控制方舟，他们企图让方舟降落到地球上。
12、亚伯和以恩追踪着该隐行踪进入拜占庭。在帝国，亚伯、塞丝和该隐展开激战。战斗中，狄特里希启动方舟上卫星炮。罗马被直接命中，整个城市被摧毁。教皇厅全灭，弗兰契斯柯被杀。幸运是，卡特琳娜正在米兰疗养，躲过此劫。该隐依旧想让方舟降落到地球上，但塞丝牺牲自己生命阻止他计划。帝国女王芙乐蒂卡，即塞丝·奈特罗德死亡。混乱中，亚伯和该隐似乎同归于尽，但事实上两人都生还，只是受重伤。
13、罗马毁灭和女王芙乐蒂卡被杀使世界陷入混乱中。两年后，由于蔷薇十字骑士团操纵，亚伯·奈特罗德被陷害为“来自教皇厅暗杀者”。因此，当人类世界由于失去罗马和教皇厅而陷入混乱之时，帝国向短生种宣战。开战两年后，帝国夺取短生种半领土。人类国家只有两个幸存下来，阿尔比恩和格马尼库斯。
14、作为战胜国，帝国由于无法控制领土快速扩张而开始减慢行军速度。同时，艾丝缇军队和她领导前教皇厅成员（包括前AX成员）形成股顽强反帝国力量，使帝国陷入两难境地。
15、年轻Kaurstein伯爵之女卡米拉在街上捡到名短生种（亚伯），这个银发碧眼短生种失去记忆。经过调查，他似乎和阿尔比恩女王艾丝缇有着某种联系。急于想获得战功卡米拉带着这个银发年轻人进入敌方领土，计划暗杀女王艾丝缇。但是，在和卡米拉起行动时，亚伯记忆开始逐渐恢复。最后，亚伯和艾丝缇再次相见。
16、加入蔷薇十字骑士团卡特琳娜和托雷士登场。卡特琳娜已经对自己人生感到绝望，并迷失在对艾丝缇嫉妒心之中……然而，这只是她利用假象，她赌上自己人生，打算从内部摧毁骑士团。
17、显然，狄特里希从未信任过卡特琳娜和托雷士。不过，当该隐完全恢复日益临近，他开始对该隐感到不自然（原文：awkward）。他被卡特琳娜提出问题所困扰——在该隐完全复活后，骑士团、肯普法和你还有什
存在意义？——卡特琳娜对狄特里希展开心理攻势，并最终使他背叛该隐。同时，女王艾丝缇、亚伯、卡特琳娜和以恩正准备开始与骑士团进行最后决战。
18、最后，最终舞台回到卫星轨道上方舟之上。打算将方舟扔向地球来毁灭世界该隐，和为阻止他亚伯，开始最终决战。
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