帝下旨改军制。
以荡寇军为大明陆军，并依天子六军之制，设大明陆军
至六军，每军四步兵镇，每镇四步兵旅骑兵旅炮兵旅，军设重炮旅，工兵旅，重骑兵旅合计十万官兵。另设大明海军，分南北二洋舰队及岸防镇守府，以江宁侯张名振为北洋舰队提督，以郑鸿逵为南洋舰队提督，并设南洋宣慰使于崖州，以郑鸿逵兼南洋宣慰使，率郑和号等二十艘战舰下南洋宣慰诸国。
悉罢其他各军。
初设西北经略使。
以宣大巡抚淮安侯堵胤锡为西北经略使，驻兰州，禁绝西藩邪教，有信之者夷九族，以陆军第军属西北经略使。
桂王及广西土，汉*员迎驾于桂林，是日，广陵王吴三桂以克西安奏捷，伪帝李过自缢，刘宗敏为其部将所杀，其余人等皆降。
关中悉平。
帝赏平关中之功加广陵王上柱国，封太师，增其封地万亩，并以广陵王世子吴应熊尚建宁公主，建宁公主，帝之养女，又以关中造贼祸最久，百姓饥馑，下旨免关中三年赋税，又以中原大熟，调直隶山东河南三省之粮运关中以赈饥民，由是关中咸歌盛世。
十月五日。
帝还应天。
先，王弄土司沙定洲趁朝廷多事无暇顾及，娶阿迷土司普名声寡妻万氏，以临安生员汤嘉宾（万氏妹夫）为谋主，攻破昆明逐黔国公沐天波，沐天波逃奔楚雄，沙定洲窃据昆明，至是，遂出兵以拒圣驾，战之昭通，沙定洲为天罚所诛，逆军畏服圣威悉归降，帝入昆明，沐天波自楚雄来朝，帝以沐天波不能守土责之，废其世职并削爵为怀远侯。
滇平。
五月七日。
帝出昆明。
二十七日。
大明崇祯二十年正月初十。
帝诛张献忠于成都，以其尸示之余部，其党李定国，刘文秀等皆降。
二十八日。
延平王大军入成都。
张逆党羽孙可望自梁山奔宣汉欲北入汉中，为其将马唯兴所诛，马唯兴以其部归降。
设东北经略使。
以开平侯
十月六日。
上柱国，太师，广陵王吴三桂以克太原奏捷，姜瓖兄弟三人皆为部将所杀。
山西平。
帝以平山西之功增广陵王封地万亩，并以晋商范永斗以下诸人，自崇祯十七年之前既为建奴党羽，罔顾朝廷法纪，卖国以求利，更兼为多尔衮牵线使姜瓖等投降建奴，并引建奴入关，其后又依附闯逆抗拒王师，故诛范氏等八家。并下旨单独设汉*录以录孔衍植，冯铨，陈名夏，范永斗等诸人以警示后人，另设贰臣录以录钱谦益，熊文举等诸人以警为臣不忠者，又下旨于铜瓦厢铸侯恂父子跪像以惩*佞。
崇祯二十年正月初五。
帝至贵阳，召各地土，汉*员，以奢崇明戒之，并请太祖而赐之地瓜，玉米等种，诸土司皆感怀畏服咸呼圣明，帝悦之，遂下旨自之以后无土汉分别，各地土人皆为皇民，各地*员不得禁其下山居住，有欲平原定居者依汉民例分其皇田，若贵州田地不足者，可移之四川湖广，乃至于中原，各地土司皆有封爵，于是土人皆涕泣以颂圣恩。
八月十日。
帝出贵阳。
九月十日。
帝至桂林。
蜀平。
同日，闽粤总督郑芝龙奏报荷兰人退出台湾。
设台湾府以属福建承宣布政使司。
二月十五。
帝率大军出叙州。
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