最后，则是李来亨最为信任
谋主方以仁，他自然是取代
“牛太师”地位，成为大顺
人之下、万人之上首相，挂平章政事和天佑殿大学士衔，为大顺文臣之首，足可以被众人尊称为“方太师”。
不过文臣还是其次，如今正逢乱世，东虏随时南下之意。诸将群臣估计，等到永昌元年年底，旦天气变冷，黄河冻结，应该就是东虏全力南下时候，到时候在黄河两岸，势必将爆发场决定大顺命运决战。
所以武官重要性，依旧是高于文臣。
这其中最重要自然还是大顺军野战主力——五营野战军。
大顺五营中，最为核心中营已经因为田见秀和张鼐垮台，还有在获鹿大战中损失，实力受到沉重打击；
在李过册封李来亨为皇太子、监国以后，晋王殿下便开始着手于改组大顺中央朝廷。此时田见秀被流放武昌，牛金星z.sha，张鼐战死，袁宗第亦臣服于李来亨，大顺军内部除个抱病在身、不能理事光中皇帝李过以外，再没有任何人地位能够和假节钺、平章军国重事、诸道行军大总统李来亨等夷。
何况在李过册晋王为皇太极圣旨中，明白指出从今以后大顺切军政和用人大事，都由李来亨意决之，而无须送宫中等待光中天子裁决。
李来亨那栋小小晋王府，实在是不够容纳众多臣僚，也无法充当大顺中央朝廷真正核心所在。
于是在群臣劝谏之下，李来亨选择田见秀原本居住平阳公府为监国行辕——值得提是，张鼐原本居住义侯府继续由他遗孀田氏和子嗣张玄朗居住，只是吴汝义太平伯府被抄没以后，李来亨又将其赏赐给“赞画平叛”有功方以仁。
原本大顺中央朝廷是以牛金星担任平章政事、天佑殿大学士为核心，六z.府六谏议为辅。六z.府中，吏z.府尚书宋企郊、礼z.府尚书巩焴都早早地投靠李来亨，因此其官位依旧稳固，户z.府尚书杨王休则被白旺替代。
袁宗第右营，虽然在杨承祖、吉珪叛乱中损失泰半，但最为精锐核心兵力尚在，骨干尚存，退出陕西以后即恢复不少实力；
刘芳亮左营，自从顺军北伐以来，屡次同李来亨前营携手作战，又没有参加获鹿大战，兵力较之
剩下刑z.府尚书安兴民、工z.府尚书徐尚德、兵z.府尚书李之纲都是牛金星同党，因此大多左迁。
新任刑z.府尚书由陈可新出任，工z.府尚书由白鸠鹤出任，兵z.府尚书则由顾君恩出任，同时参军司亦升格为参军院，也由兵z.府尚书顾君恩如白旺例，兼任参军院总裁。
此外，吏z.府所辖文谕院是大顺朝廷选拔、考核*员最重要机构，因此李来亨也从湖广调来直在随州负责考试事务谢徵担任文谕院总裁。
谢徵伯父明朝原任大学士谢升，在德州投降于豪格，对顺军在山东防务造成很不利影响，但李来亨并没有因此怪罪于谢徵，反而提拔他出任关键文谕院总裁职，颇使文谕院为之动容。
这些重要中枢文臣中，不出众人意料，是以李来亨较为信赖明朝降臣巩淯及晋王心腹顾君恩二人，挂同平章事和天佑殿大学士衔。
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