1979—1980年，恢复
60年代中断
莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘。此次在莫高窟南区南段清理出第130窟窟前下层遗址，是莫高窟窟前规模最大铺砖殿堂建筑遗址。1985年，将“w.g”前后莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘资料进行整理，出版发掘报告《莫高窟窟前殿堂遗址》。
1999年10—11月，为配合莫高窟窟前环境整修工程，对第96窟（北大像）窟前和窟内进行清理发掘。窟前发现民国、清代、元代、西夏及初唐时期殿堂遗址和遗物；窟内发现民国、清代、元代、西夏及初唐时期洞窟地面和遗物。这
次发掘，首次发现莫高窟初唐时期窟前殿堂遗址，恢复北大像原有高度，为莫高窟南区窟前地貌变迁提供资料。
1988—1995年，经过对莫高窟北区洞窟六次大规模清理发掘，这项重要考古发掘工作，为揭开莫高窟北区神秘面纱，
窟创建初期窟前地面高度，要低于现在地面4米以上。修建现底层洞窟窟前殿堂遗址，乃唐后期窟前地面升高所致。探明南区底层洞窟在五代、宋、西夏、元时期曾建有窟前殿堂，形成“前殿后窟”建筑空间格局，殿堂建筑结构有包砖台基殿堂式建筑和没有包砖台基土石基窟檐式建筑两种。相当于五代、宋曹氏归义军政权时期整修，使莫高窟外观达到历史上最为宏伟壮观时期。
过去石窟内容和供养人题记调查、记录，在这个时期又做进步校勘、增补，使其内容不断完善、准确。在调查过程中对石窟内容和时代有新认识，新发现。
第四个时期是改革开放以来四十年，这时期是敦煌石窟研究全面发展时期。
敦煌文物研究所扩建为敦煌研究院。扩建后研究院扩大编制，增设部门，汇聚人才，在敦煌石窟考古报告、洞窟断代分期等方面，都取得批为学术界瞩目研究成果。
这时期敦煌研究院石窟考古研究包括以下几个方面工作。
第，石窟内容和供养人题记调查、记录和出版。
石窟内容和供养人题记调查、记录是石窟研究基础性工作。至七八十年代，在前人研究基础上，经过再次复查、校勘、增补，凝结几代人心血重要研究成果—《敦煌莫高窟内容总录》《敦煌石窟内容总录》《敦煌莫高窟供养人题记》等终于问世，为学术界研究敦煌石窟提供实用权威基础资料。
第二，敦煌石窟考古报告编撰。
20世纪80年代末期开始再次将敦煌石窟考古报告提上议事日程。经过长期探索历程，扩大考古报告团队力量，在研究院考古研究所成立考古报告编写小组，院里成立与考古报告有关专务部门组成《全集》工作委员会，拟定《全集》编辑出版规划，确定石窟考古编写体例，加强科技手段。经过反复挫折、反复修改，综合考古、美术、宗教、测量、计算机、摄影、物理、化学等人文和自然学科领域研究成果和技术，终于编纂出版具有科学性和学术性《敦煌石窟全集》第卷《莫高窟第266—275窟考古报告》。
第三，石窟遗址和洞窟清理发掘。
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