莫高窟北区立面图。
研究所针对过去历次编号存在
多有遗漏和混乱无序问题，做
次全面有序编号。这次编号虽然也存在些不足，但较以前几次编号，有较大改进，便于使用和查找，这次编号使用至今。这时期洞窟调查、记录工作成果累累，有着重要历史价值。史岩调查完成《敦煌石室画像题识》，这是最早莫高窟供养人题记抄录汇集。1944年李浴完成《莫高窟各窟内容之调查》（未刊），对洞窟记录更为详尽。1946年阎文儒著《安西榆林窟调查报告》，对榆林窟内容做调查、登录和研究。敦煌艺术研究所将敦煌石窟内容和供养人题记调查与记录，作为项长期工作，组织多人反复调查、核对、校勘、修改和补充；调查次比次更为完善，这些资料为日后敦煌石窟内容总录和供养人题记出版奠定基础。此外，研究人员开始围绕敦煌石窟对不同领域资料进行查阅和探索。这些应看作是敦煌石窟研究开端，为日后敦煌研究发展打下坚实基础。
第三个时期是从1950年改名为敦煌文物研究所开始至1966年“文化大g,m”之前。这个时期是敦煌石窟研究发展时期，包括考古研究在内各项研究工作逐步开展起来。遗憾是，“文化大g,m”期间，敦煌石窟各项工作处于停顿状态。
这个时期，
国些考古学家探索运用考古学方法对敦煌石窟进行科学调查、记录，进而探讨排年、分期研究。50年代初，夏鼐在《漫谈敦煌千佛洞与考古学》文中，首先谈到如何将考古学运用在敦煌石窟研究中问题。1951年，宿白、赵正之、莫宗江、余鸣谦到敦煌石窟勘察，指出敦煌石窟保护中存在各种问题，提出加强保护建议，特别提出要加强对石窟建筑、壁画、塑像研究，形成《敦煌石窟勘查报告》文。
1956年，宿白著《参观敦煌莫高窟第285窟札记》，初次运用考古类型学方法，通过莫高窟第285窟壁画研究，对莫高窟北朝洞窟做分期。1957年，文化部曾经召集专家学者制订编辑出版《敦煌石窟全集》计划。
1962年9月，宿白先生带领北京大学历史学系考古专业学生到敦煌莫高窟实习。在此期间，他在敦煌文物研究所做著名《敦煌七讲》学术讲座。他指导学生按照这个科学方法，选择莫高窟典型洞窟进行实测和文字记录实习。敦煌文物研究所在听取和学习宿白先生《敦煌七讲》之后，正式开始对莫高窟崖面遗迹全面测绘和文字记录，以及对敦煌莫高窟洞窟考古报告文字记录、实测绘图和照片摄影工作，完成第248窟、第285窟测绘图和第248窟考古报告初稿。这是对石窟考古研究初步实践。
这时期莫高窟窟前遗址发掘取得很大收获。1963—1966年，配合莫高窟南区危崖加固工程，对莫高窟南区北段和中段长约380米区域内进行清理和发掘，共清理出不同时期22座窟前殿堂遗址、3个洞窟和4个小龛。底层洞窟之下发现3个洞窟，不仅搞清莫高窟崖面洞窟分布有五层之多，而且揭示莫高
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