到荒漠戈壁，其生活反差之大可想而知。当时
敦煌生活和工作条件都极其艰苦。戈壁沙漠，风沙弥漫，冬天气温在零下20摄氏度左右，却没有任何取暖设备。他们当时住在破庙里，无水无电，物质贫乏。因为太冷，早上出被窝时眉毛胡子都会结霜。
50年代，段先生成
重点批斗对象，虽然没有“戴上帽子”，却被降六级工资，株连妻子也丢工作。白天让他进洞临摹，晚上罚他参加重体力劳动。他就是在这段时期完成第217窟《西方净土变》临摹。1958—1959年，段先生和其他几位老先生整天都在劳动。农业劳动是艰苦，最艰苦是他们被安排去石窟加固工程，搬大石头。平时还要每天清洁厕所，冬天厕所粪便结冰，还得用铁锹甚至钢钎清理。这样重体力劳动
直持续到1963年，省里派来工作组进行调查，对段先生问题做平反处理，恢复他职务和工资。
在极不公正境遇之下，段先生遭受着精神和生活双重压力。但他凭着坚忍性格和无私胸怀，始终没有倒下，仍坚持自己热爱临摹。他说自己只要进洞，就会全然忘记烦恼，内心片平静。
“w.g”时期，段先生再次受到冲击，他被批斗，被除名，最后下放农村。但是他坚持思考和研究艺术与美学。等到后来落实政策，他又回到敦煌文物研究所时，他关于敦煌艺术文章篇又篇地发表出来，这些成果都是他在最困难时期做出来。
50年代，段先生担任过个时期代所长，他主持临摹工作做得有声有色。80年代初，段先生接替常老，任敦煌文物研究所第二任所长。他不仅具有坚实国画基本功，在敦煌壁画临摹和敦煌艺术研究方面有很高专业水平，而且有较强行政工作能力。更难能可贵是，他在工作中能坚持原则，不计以往个人得失。“w.g”期间难免会形成人与人之间些矛盾，但是段先生总能以宽广胸怀积极化解研究所同仁在历史上形成矛盾和隔阂，调动全所积极性，把敦煌保护、研究、弘扬各项事业提升到新高度。
段先生于1984年出任敦煌研究院院长，这个时期也是敦煌艺术临摹黄金时期。在段先生组织领导下，敦煌研究院老中青三代美术人员结合整窟临摹复制批洞窟，在国内外展览中尽显敦煌艺术之美。
段先生特别重视敦煌石窟保护工作，在他倡导下，有损壁画印稿法临摹被禁止，只能用面壁写生法临摹。在他主持下，1987年，莫高窟被联合国教科文组织世界遗产委员会批准列入《世界文化遗产名录》。也是在他领导下，
们开展国际合作，学习和引进国际文化遗产保护先进理念、先进技术、先进经验，积极培养保护人才，逐步建立起自己保护科研队伍和实验室，从过去对壁画抢救性保护走向科学保护，从局部保护走向本体和环境整体保护。
段先生也看到们在敦煌学研究上薄弱，他接任所长后提出，要迅速提高研究水平，逐步扩大敦煌文物研究领域，逐步拿出批有分量研究成果。他自己率先垂范，夜以继日撰写研究文章，调动老中青三代研究人员
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