莫高窟及其保护、研究工作》。与美国盖蒂保护研究所阿格纽先生合作撰写《敦煌——中国佛教宝藏》，在《科学美国人》（ScientificAmerican）杂志上以英文发表，在《科学》杂志上以中文发表。赴日本与东京国立文化财研究所协商继续合作研究保护莫高窟事宜。为北京大学中文系古典文献专业实习学生做主题讲座。
1998年任敦煌研究院院长。任第九届全国政治协商委员会委员。赴浙江大学签署《多媒体与智能技术
集成及艺术复原》课题协议书。为美国丝路基金会考察团做《敦煌莫高窟分期方法与成果》学术讲座。赴山西大同参加“首届中华石窟旅游讨论会”，并做
《如何处理好保护与旅游关系》发言。编著《中国美术分类全集·中国壁画全集·北周卷》，辽宁出版社出版。
1999年被聘为中国敦煌吐鲁番学会副会长。主持启动敦煌研究院与梅隆基金会、美国西北大学合作项目“敦煌壁画数字化档案”。编著《安西榆林窟》由甘肃民族出版社出版。论文《丝绸之路上敦煌莫高窟（二）·敦煌艺术创造和它创造者》发表于日本《近畿化学工业界》。
2000年全面主持筹办“2000年敦煌学国际学术讨论会”“敦煌藏经洞发现百年特别展”“敦煌藏经洞发现百年纪念座谈会”。出席敦煌藏经洞陈列馆揭幕仪式。应邀担任“香港敦煌佛迹防护功德林计划”筹备委员会委员，为莫高窟防沙治害、绿化植树募集资金。赴英、法考察散失敦煌文献和敦煌绢画等文物，应邀为大英图书馆做学术讲座。主编并撰写《中国敦煌》由江苏美术出版社出版，《发现敦煌》由香港商务印书馆出版，《敦煌图史》由上海古籍出版社出版，主编《敦煌图案摹本》由江苏古籍出版社出版，《敦煌：纪念敦煌藏经洞发现100周年》由朝华出版社出版。
2001年应邀赴日参加敦煌研究院在日本岐阜市举办“敦煌艺术展”和日本文化学园举办“敦煌石窟和丝绸之路染织展”开幕式，发表论文《莫高窟出土丝织物与壁画中丝织物形象》。参加“中国文物古迹保护准则研讨会”，发表论文《根据〈中国文物古迹保护准则〉进行莫高窟第85窟保护项目》。参加“21世纪初中国面临重大理论与对策问题”历史学学科选题研讨会，发表论文《坚持国家为主管理体制，坚持文物保护方针和原则，推动新世纪文物保护工作》。参加联合国教科文组织世界遗产中心副主任梁明子女士考察世界遗产保护、管理情况座谈会，发表论文《1996—2000年敦煌石窟保护工作》。参加全国文物外事工作会议，发表论文《开展国际合作，科技保护敦煌》。
2002年荣获“全国杰出专业技术人才”称号。主持与美国盖蒂保护研究所和澳大利亚遗产委员会共同开展《莫高窟游客承载量及开放对策研究》。与美国梅隆基金会合作开展《敦煌艺术电子档案》项目，并与美国梅隆基金会共同草拟并上报“第三期合作协议”。与日本东京国立文化财研究所共同商定并签署《第四期中日合作研究保护敦煌莫高窟第194窟、第53窟合作计划》和《
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