第四期中日合作研究保护敦煌莫高窟第194窟、第53窟协议书》。参加“联合国教科文组织2002年丝绸之路国际学术研讨会”。与浙江大学合作编撰
《敦煌：真实与虚拟》由浙江大学出版社出版。
2003年主持制定《甘肃敦煌莫高窟保护条例》由甘肃省人大审议通过，自2003年3月1日起正式颁布实施。担任第十届全国政治协商委员会妇女界委员，在全国政协十届
次会议期间，起草并与24位全国政协委员联名递交
《建设敦煌莫高窟游客服务中心建议》提案（政协十届次会议提案第1412号），全国政协提案委员会将此列为当年重点提案。应邀参加印度英迪拉·甘地国家艺术中心召开“玄奘与丝绸之路”国际学术讨论会，发表论文《玄奘译经和敦煌壁画》。应日本《佛教艺术》杂志约稿，撰写并发表《敦煌石窟研究百年回顾与展望》。启动《敦煌艺术大辞典》（上海辞书出版社）编撰工作。主编《敦煌鉴赏精选50窟》（中文版）由江苏美术出版社出版。
2004年担任中国古迹遗址保护协会副主席。主持“第二届石窟遗址保护国际学术讨论会”“敦煌研究院成立60周年暨常书鸿先生诞辰100周年纪念活动”“2004年石窟研究国际学术讨论会”组织和筹备。专著《敦煌石窟全集》第四卷《佛传故事画卷》由香港商务印书馆出版。编著《敦煌石窟》由旅游出版社出版。撰文《为敦煌久远长存——敦煌石窟保护探索》，刊于《人民政协报》。参加2004年全国文物外事工作会议，发表论文《面向未来，国际合作保护迈上新台阶》。主持完成由国家文物局委托、8个科研单位联合攻关《国家文化遗产保护中长期科学和技术发展规划研究》课题。接受中央电视台《正大综艺》栏目《守望敦煌》、《面对面》和《东方之子》栏目专辑拍摄，协助中央电视台成功直播《敦煌再发现》大型节目。
2005年被国务院授予“全国先进工作者”荣誉称号。在上海和北京主持召开“敦煌莫高窟保护利用设施项目数字展示技术验证专家论证会”，组织开展《莫高窟保护利用项目管理系统可行性研究》。主持完成“古代壁画保护国家文物局重点科研基地”机构设置和组建，于2005年11月30日正式挂牌。完成《敦煌石窟全集》（专题分类全集）26卷编辑出版。参加2005年国际古迹遗址理事会（ICOMOS）亚洲区域性讨论会，发表论文《莫高窟保护与旅游矛盾及对策》。参加“国际古迹遗址理事会（ICOMOS）第十五届大会”，做题为《按照〈准则〉原则制定〈敦煌莫高窟保护总体规划〉》专题发言。主持完成《敦煌石窟保护与利用研究》《全数字摄影测量技术在莫高窟文物保护中应用研究》课题。
2006年参与安排部署敦煌研究院与兰州大学、美国盖蒂保护研究所、英国伦敦大学考陶尔德艺术学院联合开办壁画保护研究生班以及教学工作。为配合敦煌莫高窟保护利用设施项目可行性研究，赴美国考察博物馆数字展示技术以及游客组织、管理和服务措施。参加“世界遗产地旅游可持续发展规划与管理国际
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