区分繁杂
分类。奶酪中含有各种各样微生物，如细菌、酵母、真菌等几百种生物，以及上千种已知和未知菌株。
奶酪制作工艺越是偏手工化，生产条件越不灭菌，内部和表面微生物种类就越多样。几百种天然微生物、酵母和霉菌，特别是奶酪外皮上微生物，赋予手工奶酪比工业产品更浓郁口感和完美质地。尽管别国家对此生产方式仍有疑虑，但很少有由手工奶酪引起食物中毒事件发生。法国奶酪研制产业规模庞大，支撑着全球奶酪销售市场，研究人员已经开始认真研究微生物作用。毫不意外，法国奶酪研究中心发布主要是关于奶酪正面报道。
些临床试验证实，给服用抗生素病人食用奶酪制品，有助于维持肠道微生物活性，而抗生素通常会杀死大量健康肠道菌群。与经过灭菌工业化生产奶酪相比，未经巴氏灭菌硬奶酪在与抗生素共同使用时，能加快病人痊愈，减少耐药性产生。由此推断，奶酪中微生物有助于维持肠道微生物多样性。[64]
不久前
去法国萨瓦地区拜访朋友，人们向讲述
使用沿续百年配方制作传统高山孔泰奶酪（Comté）过程。解说花1小时（边喝酒边品尝奶酪），基本步骤包括将冷牛奶和热牛奶在春日山间进行露天混合（其他种类奶酪会添加酶类），这会破坏牛奶中蛋白，使之结块并与脂肪结合，然后将凝乳用细麻布网过滤，去除部分水分，最后把过滤物储存在潮湿地下室木架上，地下室里有装满乳清和盐水大缸。人们用布蘸上盐水，反复擦拭乳块表面，使奶酪表面布满细菌和真菌组成微生物，发酵改变奶酪酸度和口感。对法国奶酪丰富口感来说，关键是擦拭奶酪布所蘸取液体——比如说过去会使用马尿使奶酪变酸，并产生独特风味。
大部分真正奶酪都是自然老化熟成（包括像切达奶酪样硬奶酪），外壳上长有另外种微生物：奶酪螨。这种微生物体型较大，高倍放大镜下肉眼可见。这些贪婪家伙以奶酪和其中微生物为食，形成小孔洞，增加奶酪风味，不过在奶酪出售前会通常被清扫干净。有种米莫雷特奶酪（Mimolette）运到美国时，表面爬满小螨虫，直接被卫生*员禁售。在其遭禁后，种亮橙色奶酪——陈年荷兰豪达奶酪（Gouda）种17世纪法国仿品，在黑市热卖。奶酪食客们喜爱外皮泥土气息。在段YouTube视频上可以看到胖乎乎透明虫子大吃奶酪，视频配有警告：“看过此视频后，面对法国奶酪，你可能胃口尽失。”[65]
奶酪螨证明奶酪是有生物活性——它是充满微生物活体，从常见于牛奶中乳酸菌到给羊奶干酪（Roquefort）和斯蒂尔顿奶酪（Stilton）带来美味蓝色花纹酵母和真菌。美国食品药品管理局（FDA）“英明”地决定奶酪中含有活菌，有健康隐患（相比之下枪支倒比较安全），而禁止由未灭菌牛奶制作奶酪，比如孔泰、勒布罗匈（Reblochon）和博福尔（Beaufort）奶酪在美国销售。近期他们甚至宣布将对那些在难以灭菌
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