剖腹产婴儿，免疫系统也受影响，他们更容易患肠道病和过敏症，特别是对食物过敏。[381]几乎所有
流行病学研究（观察性研究，而不是临床试验）都表明剖腹产婴儿食物过敏和哮喘发病率会升高20%。[382]母亲本身患有过敏症话，婴儿风险更高——可能会高达7倍。研究人员在常规和急诊剖腹产婴儿身上都发现
同样高风险，这减少其他因素可能引起偏倚，也使研究结果更为可信。
剖腹产这项不起技术——不通过自然方式生产——将1/3婴儿带到人间，它与自然伟力相冲突，而在此之前人们并没有意识到自然生产重要意义。
废除剖腹生产术是不现实，除此之外有没有其他可行办法？
美国肠道项目发起人罗伯·奈特曾经开展
项观察剖腹产影响研究，他给当时正怀孕妻子提个听起来很奇怪建议。如果她只得接受剖腹产话，能不能想办法使得生产过程更接近自然状态？妻子同意，在分娩时因为难产她必须接受剖腹。在麻醉之前，罗伯将大片卫生棉塞入她体内并擦拭肛门周围。当医生把健康女婴从母亲体内取出后，他立即用这片卫生棉擦拭婴儿面部、口唇和眼睛，并持续几秒钟，尽可能模拟顺产过程。
三年过去，她女儿切都好，肠道菌群看起来很健康。尽管她妈妈有家族过敏史，而女儿长这
大还没有对任何东西过敏，也只因为葡萄球菌喉炎用过次抗生素。
听说些北欧医院已经开始私下采用这种方法。罗伯和玛丽亚·多明格斯—贝洛（MariaDominguez-Bello）在波多黎各接受择期剖腹产产妇中开展项“*d接种”试验，长期跟踪随访这些婴儿，观察通过这种方法能否让婴儿肠道菌群状态恢复“正常”并减少过敏发生。
自然通过精妙设计，不仅是基因，还有母亲微生物，将营养物质和免疫信号从母亲转移给婴儿，而母亲体内微生物又受孕期饮食精细调节。过去两代人过敏症发病率显著升高，可以归因于婴儿体内微生物多样性降低。微生物变化影响免疫系统发展，具体机制还不为人知。婴儿出生后，很有可能会在3岁内接受抗生素治疗：大部分国家数据显示孩子在3岁前往往接受过1到3个疗程抗生素治疗。这种情况下，儿童体内正在形成微生物菌落微妙平衡会被打破，并且可能永远无法恢复。
欧美最常见8种由处方药引起副作用当中，5种与抗生素使用有关。在美国，名普通儿童成年前会接受17个疗程抗生素治疗，和英国情况样，大部分治疗都是不必要，还有些孩子用得更多。这不仅会降低他们免疫力，还会带来其他副作用。
发展中国家儿科医生长期以来就发现慢性感染会阻碍儿童生长发育，这也能解释贫穷和身材矮小之间关联。最近，对10项研究长期使用抗生素影响临床试验综述表明，使用抗生素后，身高有所增加，每年增加5毫米，但是其对体重影响更显著。[383]对这些非洲和南美儿童来说，抗生素整体上促进他们健康，减少营养不良，消灭体内有害细菌，但对
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