禧干脆将山东巡抚毓贤调往京城，让袁世凯代理山东巡抚
职。
袁世凯毕竟见多识广，他既有在朝鲜跟西方人打交道
经验，对于西方
解始终处于前沿状态；同时，也富有草根经验——自小耳濡目染，使袁世凯对那些“怪力乱神”把戏并不陌生。袁世凯当然知道这样群众运动旦兴起，结局将不可控制。1900年1月，袁世凯上个奏折，表达自己对于义和团看法，中心意思有两层，是认为义和团盲目排外，给社会造成极大破坏，也给国家带来重大损失。奏折列举山东各地发生教案情况以及相关损失数据。二是认为义和团系乌合之众，毫无战斗力，绝不可用来对付洋人，如果控制不好，反被洋人作为侵略借口，大局将不堪设想。在奏折中，袁世凯陈述已经采取或将采取措施，分为治本和治标两种：治本就是调和民教，颁示约章，整顿吏治，让人们清楚，教民虽入西教，但仍是中国百姓，要守中国之法；同时照会洋教士，谨守教规，不准违背约章，横生枝节……至于治标，就是以武力和劝导结合，取缔义和团，恢复地方秩序。
有个故事，似乎能说明袁世凯处理义和团事务不动声色——袁世凯署理山东巡抚后，些义和团首领尚不清楚袁世凯态度，他们相约去拜访袁世凯，希望袁世凯像前任巡抚毓贤样，对义和拳积极支持。坐定之后，义和团首领们照例吹嘘自己法力无边，刀枪不入。袁世凯不动声色地聆听着，不时表现出浓厚兴趣。到吃饭时间，袁世凯盛邀首领们道进餐。餐桌上，首领再次吹嘘自己法术。袁世凯提议让义和团当场演示法力。盛情之下，那些义和团首领也不好意思拒绝。于是袁世凯让那些说大话义和团首领站成列，又叫来军中最好神枪手——结果可想而知，那些吹牛义和团首领哪里挡得住枪子穿透力呢！这种不动声色快刀斩乱麻方式，是典型袁世凯风格。很快，在全省范围内，袁世凯命令广贴告示，宣布义和团为非法组织，严禁设坛习拳，“倘再目无法纪，恃众抗官，大军临，玉石俱碎”。
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任山东巡抚时袁世凯
袁世凯任山东巡抚时，也遭遇到诸多“教案事件”。因为吸取各方面经验和教训，袁世凯处理显得干练多——有次，山东平阴县教堂英国牧师在由泰安府回平阴县途中，突然失踪。消息传至袁世凯这里，袁世凯方面急报总理衙门，照会英国驻华使节，表示会尽快妥善处理好此案；方面调集有关人员，悬赏通缉案犯。很快，案犯被抓获，这是桩抢劫行凶案。袁世凯很快在济南公开审理此案，并特意邀请英国驻上海总领事旁听。由于证据确凿，审理公开，判决公正，英方没有表示不同意见，也没有提出过分要求。轰动时肥城教案，就这样顺利终结，结案之快，赔偿之少，都是历次教案中少有。
在外事矛盾与纠纷中，袁世凯也不算味地倾向洋人。1900年1月至3月，高密县数百民众聚集，武力抗拒德国人建设胶济铁路从境内通过。德国人调集海军陆战队三百多人进驻，扬言要以武力护路。双方各不相让，战事眼看触即发。在这种情况下，
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