袁世凯火速调集大批军队进入现场维持秩序。经过调查，袁世凯认为当地
民众虽然愚昧无知，但事件主要原因是德国人对于征用田地赔偿不够。于是，袁世凯亲自拟定
有关条件，与德国人进行谈判。由于袁世凯据理力争，德方作让步。在此基础上，袁世凯还对德国人筑路用地、路矿公司设局、雇工、火车运载货物、征收厘税等事项，作明文规定，
定程度上维护当地群众利益和国家主权，袁世凯在山东威望也因此大增。
当然，由于袁世凯在山东对义和团大肆围剿，也引起清廷些人不满。为杀鸡儆猴，朝廷帮人找个理由，将同时在山东做官袁世凯胞兄袁世敦革职回籍。压力之下，袁世凯仍冒着风险，上封《遵旨筹议官练私团事不可行据实复陈折》，再次阐述自己对义和团认识，提醒朝廷不要受骗上当。袁世凯声称：经过调查，义和团实际上就是离卦教中所称义和门，与当年抗清白莲教同出源。只有拳会之名，并无拳会之实。嘉庆年间，已奉旨严禁。这些拳民不只仇恨洋教，还聚众闹事，掠害平民，骚扰地方，危害很大。义和团也没有什
本领，屡战屡败，怎可能用来抵御西方强大军事力量呢？袁世凯强调，自古以来，绝无利用旁门左道邪教来抵御外敌，也没有把这些抢劫拒捕之人当做良民。因此，朝廷企图倚重义和团，实属不可行。
由于袁世凯坚持不放弃对义和团强有力打击，到1900年，山东境内已无义和团踪迹。义和团越境到直隶境内北京、天津、保定三角带地区，得到迅猛发展。尤其是在河北境内，义和团活动达到高潮。直隶总督裕禄原本与袁世凯约好，对义和团南北夹击，但此时朝廷对于义和团纵容态度，让他不再敢轻举妄动。于是，义和拳设坛焚香，毁铁路、折电线、烧教堂、杀洋人活动愈演愈烈。这时候，对于义和团到底采取什办法，清廷还是拿不出主意，只好睁只眼闭只眼。当然，义和团口号转变也是清国统治者看法转变个重要原因——他们由最初与清廷不共戴天，变成拥护清廷驱除洋人。在这种前提下，那些憎恨洋人清朝王公贵族，甚至慈禧，都觉得这股民间力量可以利用。在朝廷优柔寡断下不决心时候，事态变得越来越严重，北方广大地区越发处于无z.府状况中。
清廷上上下下对于义和团判断缺失，明显地是缺乏常识所造成。当欧洲在19世纪工业化背景下，思维已在理性和科学轨道上行驶时候，在东方古国，义和团民以及清国统治层思维还停留在蒙昧中世纪，无论是那些大权在握官宦们，还是没权无势百姓，既缺乏基础科学常识，也缺乏实事求是精神和能力。他们既愚蠢，又天真；既充满幻想，也缺乏想象力；既老谋深算，又自作聪明。正是在这种思维方式下，上至慈禧太后皇室大臣，下至普通百姓，全都相信这种怪力乱神，相信那些带有神功义和拳民是“天兵天将”下凡，相信他们可以刀枪不入，相信他们可以轻而易举地打败洋人。以当时清廷自作聪明想法，先纵容民间义和团力量打击洋人，给洋人施压，然后
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