听到这个消息，奥本海默显得不知所措，他说在新墨西哥州与他
起工作
科学家们都感到灰心丧气：“……他们现在满脑子想都是核弹给社会和经济带来隐患。”
奥本海默还度问华莱士自己是否应该见下总统。华莱士鼓励他设法通过新任战争部长罗伯特·P.帕特森约见总统。然后，两人就此道别。华莱士随后在日记中写道：“原子弹科学家们内心罪恶感让
震惊不已。”
6天后，1945年10月25日上午10点半，奥本海默被带进
总统办公室。杜鲁门总统自然对这位著名物理学家充满好奇，他已经听说这位物理学家口才和魅力有口皆碑。在战争部长帕特森引荐之后，三人坐下来，除帕特森，房间里没有其他人。有种说法是，杜鲁门上来就请奥本海默帮忙，以便国会能通过“梅-约翰逊法案”，授予陆军对原子能永久控制权。杜鲁门说：“首先要搞清国内问题，然后才是国际问题。”在沉默许久之后，奥本海默打破尴尬，他吞吞吐吐地说：“也许最好先弄清国际问题。”当然，他意思是，当务之急是通过对原子能技术实行全面国际管制来阻止核武器扩散。在他们谈话过程中，杜鲁门突然让奥本海默猜猜苏联人什
时候能研制出自己原子弹。当奥本海默说不知道时，杜鲁门自信地说他知道答案：“永远不可能。”
对奥本海默来说，这种愚蠢证明杜鲁门局限性。威利·希金博特姆回忆说：“那种茫然不解令他绝望。”作为个缺乏自信人，杜鲁门会刻意地表现出果断，但是在他看来，奥本海默犹豫不决、隐晦难懂及悲观阴郁让人发狂。奥本海默最终意识到总统无法理解他想表达紧迫感，于是他紧张地搓着双手又说句让他后悔话，他在紧张时向如此。他轻声说道：“总统先生，觉得双手沾满鲜血。”
这句话激怒杜鲁门，他后来告诉戴维·利连索尔：“告诉他，鲜血是在手上，让来操心吧。”但是随着时间推移，杜鲁门对这件事不断添油加醋。另个说法是，他当时说：“别担心，切都会好起来。”此外，还有种说法是，他从胸前口袋里掏出手帕递给奥本海默，说：“好吧，给你，你不想擦擦手吗？”
他们谈话结束后是阵尴尬沉默，然后杜鲁门起身示意会议结束。两人握握手，据称杜鲁门说：“别担心，们会想出解决办法，而且你也会帮助们。”
事后，有人听到总统喃喃自语道：“他手上沾满鲜血？该死，他手上鲜血还没有半多。这种事你用不着到处抱怨吧。”他后来对迪安·艾奇逊说：“再也不想在这个办公室里看到那个狗娘养。”即便到1946年5月，杜鲁门仍对这段经历记忆犹新，他在给艾奇逊信中写道，奥本海默是个“哭哭啼啼科学家”，“五六个月前，他来到办公室，大部分时间他都在边急得搓手边对说，因为发现原子能，他们手上沾满鲜血”。
在这个紧要关头，贯迷人冷静奥本海默突然失去往日镇定自若和说服力。在放松时候，他即兴发挥让人赞叹，但是在压力之下，他次又次说出
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