远于辕固之遇黄生。康党诸大贤，以长素为教皇，又目为南海圣人，谓不及十年，当有符命，其人目光炯炯如岩下电，此病狂语，不值
。而好之者乃如蛣蜣转丸，则不得不大声疾呼，直攻其妄
……三月十三日，康党麕至，攘臂大哄，梁作霖复欲往殴仲华，昌言于众曰：昔在粤中，有某孝廉诋康氏，于广坐殴之，今复殴彼二人者，足以自信其学矣。噫嘻！长素有是数子，其果如仲尼得由，恶言不入于耳邪？遂与仲华先后归杭州，避蛊毒也。
其实在这场斗殴当中，章太炎也被康有为门生殴打
。孙宝瑄在日记里记载：“枚叔以酒醉失言，诋康长素教匪，为康党所闻，来与枚叔斗辩，至挥拳。”闹到这个地步，章太炎也无法在时务报馆继续干下去。
虽然离开时务报馆，但章太炎依然致力于依托新式报刊来宣扬变法理念。1897年8月，章太炎与宋恕等人在杭州创办《经世报》。不久之后，章太炎提议发起个旨在联系同志、扩大政治影响
“兴浙会”。在《兴浙会序》里，章太炎历数浙江历代文化先贤，表彰其学术遗产，这在当时江浙士人圈里本属常见之事。但章太炎还提到反抗清朝张煌言，认为张煌言抗清失败乃浙江人“隐痛”，这就引发不小争议。《经世报》最早筹办人之胡道南致信宋恕，认为章太炎写《兴浙会序》“欠含蓄”，致使“入会者少”。与此同时，《经世报》刊登则“告白”，公开批评《兴浙会序》用词不当，将内部分歧公之于众，同时暗含与章太炎划清界限之意，章太炎由此愤而离去。
1897年8月，章太炎又开始在创办于上海《实学报》上频繁撰文。《实学报》创办人之是江苏吴县人王仁浚，他和章太炎样曾经受业于俞樾，后入张之洞幕府。他在辑佚学与目录学领域颇有成就，但在戊戌年间，他更为世人所知是其编撰《格致古微》书。这本书广泛征引中国古籍，用强行比附方式“考证”西方自然科学都源自中国。此书堪称晚清“西学中源说”集大成之作，俞樾也为该书作序。或许是因为与章太炎有同门之谊，王仁浚邀请章太炎为《实学报》撰文。章太炎在该报上发表不少分析中国古代学术文章，如《儒道》《儒兵》《儒墨》《儒法》《儒侠》，后经本人修改，收录于《訄书》之中。在发表于该报《后圣》中，章太炎极力表彰荀子学说，认为孔子之后，光大儒家者为荀子，他强调：“同乎荀卿者与孔子同，异乎荀卿者与孔子异。”1897年9月，章太炎在《实学报》上发表《异术》文，认为“三统迭建，王各自为政。仲尼以春王正月莫络之，而损益备矣”。他用今文经学话语来论述变法必要性，或许是想表达自己依然认同康梁变法主张。也正因为这样，由于王仁浚在《实学报》上刊登反对变法文章，章太炎遂不再刊文于该报。在同时期，章太炎还担任创办于上海《译书公会报》主笔，在该报上发表鼓吹多译新书、增进国人见闻言论。
1898年春，章太炎离开上海，赴武昌拜谒当时以开明而稳健自诩湖广总督张之洞。作为清流出身地方大员，张之洞向来喜欢招揽士人
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