年李自成放弃西安,撤离陕西后,未来得及集合留在西北各路大顺军部队留匆匆撤入湖广。郭君镇被留在陕西,在清军进攻下,他带领本部兵马,退入山中。十二月,汉中守将贺珍起兵反清,郭君镇在耀州举兵响应,“大破清兵于富平、合阳”,后攻三原不利,贺珍战败后,郭君镇退往邠州。
永昌三年十二月,郭君镇与另大顺军余部贺宏器联合,攻破甘肃宁州。永昌四年三月,清军从西安发八旗兵主力围剿,大军至,郭君镇领兵到三水县同清军决战,“列兵布阵,率众应敌”,激战后被清军流矢射中牺牲,其余部同王永强等部继续抗清,顺治六年(1649年)被吴三桂剿灭。
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