阿布都克里木汗之子马黑麻汗继位以后，黑山派和卓受到汗王
大力支持，这
教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派权力。两派之间矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。
后来黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗镇压白山派，白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往西藏，达赖随即将阿帕克和卓献于顺朝。
征虏大将军刘芳亮得此奇货可居以后，便命令制将军赵自牢、康大眼率军护卫阿帕克和卓进军叶尔羌汗国，而准噶尔方面，也趁着叶尔羌汗国集中兵力对抗顺军西征机会，大举攻伐，夺取
全部伊犁河谷带。
由于顺军以护卫阿帕克和卓建政为口号，叶尔羌汗国内部不少信奉白山派教徒纷纷起兵响应，汗王大军兵败如山倒，数月以后即遭到赵自牢俘虏，献俘宫阙于东京。
叶尔羌灭亡以后，西域出现大面积权力真空情况，准噶尔部趁机四面扩张，同暂时驻留在哈密附近顺军接连发生冲突。
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其时征虏大将军郭君镇已经因病回京，时任西北经略使周祚鼎即决定收纳这些和硕特部败兵，于是命制将军马科、赵自牢领兵出嘉峪关迎接和硕特部败兵。
结果顺军刚出嘉峪关，进入哈密地界不久，即遭到叶尔羌汗国兵马袭击。此前和硕特败兵穿过塔里木盆地东奔时，已经和叶尔羌汗国发生许多冲突。
现在叶尔羌汗国准备兴兵击灭这些和硕特部残兵，竟然连同顺朝军队起攻击。
马科、赵自牢随即奋兵反击，昼夜苦战，由于不熟悉西域地理环境，顺军损失很大，沿途因饥饿干渴而死人，竟然有上千人之多，付出很大代价才顺利带着和硕特余众撤入关内。
本就有意彻底击灭准噶尔部，完全收取西域李来亨，随即便授意刘芳亮伐准全权，展开场规模浩大新战事。
哈密之败，再次引爆顺朝朝堂之上舆论争议。
许多大臣都认为西域得失，于中原无关，不应该白白耗费这样多力量去同准噶尔部、和硕特部争夺西域，还上书称哈密之败是因为天心厌战，是上天在警示大顺不能再继续穷兵黩武下去。
但也有不少关心陕西安危元勋功臣，他们都认为哈密得失关系着西北安定，西北安定则关系着这些元勋功臣们家乡桑梓安全。
勋臣们政治能量可比那些科道言官强大太懂，李来亨得到众多陕西籍勋臣背书支持，底气十足，立即便诏令以刘芳亮为征虏大将军，代替因为伤兵回京郭君镇出镇甘肃，开始部署收复哈密作战。
叶尔羌汗国此时已经陷入严重教派斗争，早在阿布都克里木汗时期，天方回教“和卓”派即开始进入叶尔羌汗国。
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