此时得到顺朝军事力量
支持以后，甚至有
称王打算。
可李来亨绝无支持第巴取代达赖打算，大顺在雪区除另外借军事威压力量扶持起数个宗教领袖以外。即在第巴系统内部，也广建诸侯，使得雪区各地地方贵族都可以进入拉萨第巴执政，实际上将第巴变成类似顺朝政事堂群相制体制，杜绝
人掌握大权独断可能性。
此外李来亨又以米剌印为西藏都督府都督，留顺军精兵三千人暂驻雪区，以维系大顺军事存在。
不过米剌印系回教教徒，不受雪区僧俗各界贵族支持，后来大顺发兵讨伐准噶尔时，准噶尔部首领僧格台吉便秘密授意他那个在雪区学佛弟弟葛尔丹，联络雪区僧俗各界起兵驱逐顺军。将米剌印刺杀后，又坑杀顺军将士两千多人。
这以后，直到制将军李懋亨、张国武率军入藏俘杀葛尔丹为止，青藏地区都落入准噶尔部手中，度成为顺朝心腹大患。
达赖汗仓惶引兵抗拒，他是固始汗子孙中军事能力最为杰出人，其自康区千里行军、跨越艰难，为父报仇战，堪称经典。
可是此时和硕特蒙古军队虽然表现出骁勇顽强战斗意志，而大顺军也由于长途跋涉行军以及不适应青藏高原气候，表现并不尽如人意。
但是。
在两军交战关键时刻，达赖汗后方却又爆发大批雪区僧俗贵族叛乱行动。
和硕特汗国大军受此影响，军心大乱，在白天刚刚被蒙古军队击退顺军，经过商议以后，决定由米剌印、马科两人亲自率军，在当晚便趁着夜色，全力猛扑蒙古军营地。
李来亨也吸取西藏都督府设置失败教训，改为采取剥离雪区方式以弱藏，除将青海全境并入甘肃省外，又将康区全部并入四川省中。
大顺灭亡和硕特汗国战争，也震动天山南北。原本被固始汗留在天山南北和硕特旧部，闻此噩耗，无不为之震惊非常。
准噶尔部首领僧格台吉也抓住这个机会，以共同对抗顺军扩张为由，强化卫拉特联盟之间关系，而准噶尔部和留在天山带和硕特残部，为争夺卫拉特联盟最高领导权，其斗争也达到白热化程度。
最终准噶尔部与和硕特残部兵刃相见，大战场后，和硕特残部被完全击败，准噶尔部顺利实现对西蒙古诸部统整合，实力大为上升。
然而部分被僧格台吉击败和硕特余部，经由叶尔羌汗国占领哈密地区，逃奔嘉峪关投奔顺朝
马科副将果毅将军张国武引兵急战，黑暗中连续踹破和硕特军数个营盘，造成敌军蜂拥逃窜。
米剌印故技重施，用打败固始汗战术，再次重创达赖汗，和硕特蒙古军在黑夜中遭到袭击，顿时大溃，余众多遭到藏军沿途截击袭扰，基本上全军覆没。
只有达赖汗率领十余骑出逃西域，投奔准噶尔部首领僧格台吉，继续同大顺军为敌。
和硕特汗国灭亡以后，顺朝即在雪区恢复达赖系统统治权力，但同时为达赖系统力量和保持顺军军事干涉力量，李来亨又提升第巴系统众雪区地方贵族权力。
第巴本是达赖管家，其由雪区宗教首领日常生活总管，逐渐演变为雪区事实上行政系统首脑。
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