六月二十五日，王之寀离京赴南直隶滁州全椒县任职，东宫太监王安悄然相送，王安对王之寀被贬感到很歉疚，王之寀笑道：“但得东宫安稳，王某纵死亦不足惜，贬为县官已是皇恩浩荡。”
王安低声道：“心
兄放
从中添油加醋说
些什
，不然皇帝怎会突然那震怒，因为只有张原知道魏进忠何等
*险狠毒，后人曾以“形质丰伟，言词佞利”来评价从小混混到九千岁魏忠贤，“言词佞利”就是说魏进忠善于花言巧语并且很犀利，张原对这位未来九千岁保持着警惕，必要时候要果断帮助钟本华——
六月初七，刑部拟以对刘光复杖刑、革职，万历皇帝还认为判得太轻，要对刘光复处于死刑，这有点杀鸡骇猴意思在里面，要外臣不敢再对梃击案说三道四，方从哲与其他科道官上书营救，乃改为由刑部、都察院重审。
六月初九，三法司与司礼监在文华门前审问庞保、刘成，现在张差已死，庞、刘二人当然矢口否认曾指使张差闯宫，只说是张差疯口扳诬，他们无罪——
蓟州李自强、李万仓也已解到京城，这二人在刑部受审，也不承认受庞、刘二人指使，引荐张差闯宫，用刑之下承认平日对张差多有欺压，烧毁张差柴草并殴打张差，同时在刑讯之下，二李又招供出在蓟州黄花山不少欺男霸女恶事，庞保、刘成这两位内官对二李多有包庇——
都察院堂官张问达是亲东林，上疏申辩说，张差已死，庞、刘容易抵赖，而文华门又是尊严之地，不便动用刑具，难以审得实情，希望皇帝同意把庞、刘二人移到刑部审问。
万历皇帝不同意将庞、刘二人移到宫外受审，又授意皇太子朱常洛传话给三法司堂官，说不可轻信仇口，株连无辜，但刑部在审问二李时就获知庞、刘二人在蓟州借口为郑贵妃修铁瓦殿就干不少敛财扰民恶行，意要求将庞、刘二人发到宫外审讯，这样僵持数日，六月十三从宫中传出消息，庞、刘二囚因为天气炎热、受刑不过，已经死亡，随即万历皇帝传旨明确这消息——
这下子梃击案没法再审，京中有传言庞、刘二人未死，是郑贵妃包庇，已秘密送往某处，但很多人还是相信庞、刘二人已死，因为这二人本非什重要人物，郑贵妃没必要冒风险包庇这两个下人，还是处决干净，也算是给太子个交代。
六月十五日，方从哲、吴道南两位阁老让人传话三法司堂官，要以太子出阁讲学为重，尽快结梃击案，于是就在次日，刑部将处理意见上呈皇帝，还是以张差“实系疯癫，误入宫闱”定罪，李自强、李万仓因为凌虐乡民、为非作歹被判流放——
六月十八日，万历皇帝批复刑部关于梃击案奏章，同意刑部处理意见，同时将御史刘廷元贬为邓州判官、刑部郎中胡士相贬为邓州知州、刑部主事邹绍光贬为灵璧县知县、刑部主事王之寀贬为全椒县知县、工科给事中何士晋出为浙江佥事、在慈庆宫狂吠御史刘光复削职为民——
浙党三人、东林党二人被贬出京，看似双方各打五十大板，但刘廷元是浙党首领，在姚宗文声誉受损情况下，刘廷元又被贬，浙党损失远大于东林，本次梃击案可以说以东宫和东林获胜告终。
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