关于大辩论
奏疏是十
月二十日呈上去，但深宫中万历皇帝久久未批复，就在大臣们以为那些奏疏又要留中时，腊月十六，诏旨下，万历皇帝下令将南京教案中王丰肃、谢务禄这两位传教士押往澳门，不许再入大明传教，教徒中聚众闹事首犯钟鸣礼、张寀二人充军发落，封锁正阳门教堂，其余教士和教众则不予追究；大统历屡出舛误，礼部与钦天监要尽快着手修历，暂不引用西洋历法；翰林院可以开设译书局，翻译西洋历算、地理、医药、农田、水利书籍，以广眼界，以正缺失——
皇帝还有专门谕旨给方从哲、吴道南这两位阁臣，说阁臣点检题奏、票拟批答、平允庶政，乃是为皇帝代劳分忧，必得和睦共济，以国事为重，以后上呈奏章必须经由首辅签署，其余阁臣有异议可附拟于后。
万历皇帝当然不允许方从哲辞职，但吴道南也是他看重，内阁现在就只有这两个大臣，若赶走
吴道南，吏部少不又要会推阁臣，争得不可开交是肯定，这与万历皇帝“无为而治”相悖，万历皇帝只想维持现状。
对于方从哲而言，皇帝重申首辅职权存他颜面，但吴道南也没有因此被夺权，依旧能对首辅票拟持异议，明代内阁与前朝宰相制度差别很大，内阁没有决策权和行政执行权，只是个议政机构，而且万历当政后内阁权力更见萎缩，前首辅叶向首就曾说“设立阁臣，不过文学侍从，其重亦止于票拟，委任权力与前代之宰相绝不相同，以无权之官而欲作有权之事，以有权之事而必责于无权之官，此从来阁臣之所以无完名也。”所以说在内阁权力衰落之际，首辅与次辅职权差别不大，切事务还都要皇帝来定夺——
万历皇帝没有应沈榷之请而宣布禁绝天主教，也没有应徐光启之请援引西洋历法修改大统历，这是万历皇帝贯对付外臣纷争办法，沈榷如愿驱逐王丰肃等人，但并没有能禁绝天主教，徐光启如愿开设译局，但引进西洋历法修改大统历目却没有达到，大辩论声势不小，前后历经数月，绕个大圈，回到原点，似乎什
也没有改变，这就是万历朝政局。
沈榷对这结果是不满意，他本想借禁绝天主教赢得朝野保守势力对他赞许，但皇帝没有颁发禁教令，只驱逐两个耶稣会士，天主教在大明照常传播，这实在是沈榷失败，而且京师士庶都知道他在辩论中败给张原，有损他声誉，且喜方从哲欣赏他，暗示明年京察后让他升任北京礼部侍郎，北京礼部侍郎可不是南京礼部侍郎能比，这让沈榷感到欣慰，他打压天主教目也正是为此，以后要再接再厉——
徐光启对未能保住王丰肃、谢务禄感到遗憾，但张原对这结果却是满意，王丰肃在南京传教过于张扬，若留在大明，早晚还会激起保守儒家士绅和佛教徒强烈反对，而现在，因王丰肃、谢务禄被逐，在大明耶稣会士必得要调整传教策略，这是张原所乐见，最重要是，张原开设译局、翻译西学典籍目达到，大辩论看似没有改变什，但其中潜移默化，只有张原最明——
因这次国子监大辩论，灯市街翰社书铺六千余册西学书籍被抢购空，很多士子
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