因此两人联手营救何桂清，
再上奏，多方庇护，请准何桂清留营效力，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”(32)。说要利用何桂清
剩余价值，让他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京服罪。薛福成在《书两江总督何桂清之狱》中说：“总督何桂清弃常州也，巡抚徐节愍公严劾之，上命褫职逮问，乃由常州奔上海屡以激团练，购内应，谋复苏州为名，迁延两年，竟不就逮。江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄，皆桂清旧时属吏，夙所荐达者也，颇力庇桂清，合疏奏请弃瑕录用，俾夺后效，以赎前罪，诏不许。”不久恰好英法联军内犯，咸丰出奔承德，内忧外乱之中，没有再腾出工夫处理他，容他在上海租界苟且偷生
两年。
然而，曾国藩成两江总督，李鸿章就任江苏巡抚，注定再没有何桂清好日子过。李鸿章就任江苏巡抚后，立即拿着恭亲王奕命令，与上海租界巡捕房洽谈，逮捕藏在租界内何桂清，解送北京。
何桂清是个精通潜规则人，被捕以前，已经“潜令心腹，以重赀入都，遍馈要津，凡有言责者，鲜不受其沾润。自谓布置停当，放胆而行，于同治元年（1862）春到京”(33)。1862年5月，入刑部狱他仍然信心满满，以为可以死灰复燃，重新出山。因为是慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于前朝罪臣，不肯轻做裁决；二是此时他举主彭蕴章虽然已经失去军机大臣职位，但是另位反对曾国藩重臣祁寯藻已经重新出山，再掌大权。
早在咸丰四年（1854），祁寯藻因不得咸丰欢心，抽身引退，告老还乡，在家做六年寓公。(34)祺祥政变后，祁寯藻作为前朝元老重臣，又是肃顺老对手，在新政局中具有不可忽略影响力。立足未稳两宫皇太后为安定局面，笼络人心，于咸丰十年（1861）十月重新起用他，做年幼皇帝领班师父，让他再次进入权力中心。
因此何桂清入京后，祁寯藻马当先，为营救何桂清首先单冲上折，他所持理由是：
刑部原奏即称遍查刑律，如临阵先退、弃城先逃等条，均罪至斩候而止，明知舍此本律，不能改引，又云情罪较重，拟以斩决，是为拟加非律，非臣下所得擅请……(35)
所谓“拟加非律”，即不依本律，另定刑罚之意，不独非“臣下所得擅请”，即在上者亦不宜出此，否则就有残,bao之嫌。嗣君新立，两宫垂帘，不宜以严刑峻法作为统治手段，否则将大失民心。这个逻辑听起来似乎很有道理。薛福成评价说：“祁公之疏，尤令人不敢指驳。”
祁寯藻手法是先由斩立决争取到斩监候，然后在秋审案内，再活动减轻。他行辈甚高，影响力非同凡响。在他率领下，“救何派”下子纷起，上疏申救何桂清者共十七人：“工部尚书万青藜，通政使王拯，顺天府尹石赞清，府丞林寿图，九卿彭祖贤、倪杰，给事中唐壬森，御史高延祜、陈廷经、许其光、李培祜等，或人自为疏，或数人合具疏，其余五人则余忘之矣”(36)。可见何桂清奥援势力之雄厚。
但是另方面，要求杀掉何桂清
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