人类微妙
共同演化来说，至关重要首个细菌定植不能全凭运气。所有哺乳动物，还有研究许多其他动物，比如青蛙，都会将精心挑选微生物传到后代身上，这样过程至少已有5000万年历史。演化就这样帮助微生物从
代传到另代，而
们每个人体内独特微生物菌落就这样形成
。
多样微生物花园
土壤、灰尘、水和空气中有几万亿微生物包围着们，但它们对去新生儿体内生活兴趣寥寥。它们没有演化出相应机制在人类体表或体内存活并获得所需营养。因此人体内细菌是高度专门化，有着削减过基因，以确保没有冗余、与人类宿主重叠机制。人类与体内微生物共享38%基因。鉴于微生物从亲代传到子代现象在动物中非常常见，它对们健康肯定意义重大。[7]
女性旦怀孕，身体就开始做准备，以便通过这些特殊微生物基因传递，尽可能帮助后代生存。孕妇体内相关基因被激活，启动系列预先设定好变化过程，以确保特定激素在调控代谢和热量摄入时保存能量，在乳房和臀部囤积脂肪，增加血糖水平，储备乳汁。控制免疫系统白细胞也发生改变，因为免疫系统必须识别母体内异物——胎儿——而不发生排异反应。母亲体内微生物也发生改变，等着被传到婴儿体内并伴随他成长。这些微生物变化作用巨大。
研究者把孕妇大便接种到无菌小鼠身上，接种小鼠比未接种小鼠增加更多体重。[8]用这些无菌小鼠开展实验是科学家研究这领域常用重要方法。这些小鼠是在通氧环境里用无菌剖腹产方式接生出来，从而避免与同窝幼鼠、母鼠和其他微生物接触。研究者将它们饲养在无菌独立笼子里，喂以无菌食物并加以观察。无菌小鼠可以存活，但并不健康。它们肯定不是小鼠中佼佼者——它们身材瘦弱，脑、肠道和免疫系统都发育不良。喂养无菌小鼠开销巨大，为保持正常体重，它们需要比正常小鼠多摄入1/3热量——这说明肠道微生物在消化吸收过程中发挥重要作用。[9]
大部分细菌生活在大肠（结肠）部分。结肠位于直肠之前，长约5英尺（1.5米），吸收食物中水分。结肠前端是小肠，大部分食物和能量在这里吸收进血液。通常食物先被牙齿切碎，被唾液和胃中酶消化，再到达肠道。小肠中也有细菌，不过数量要少些，们对它们知之甚少。那些需要更长时间消化吸收食物，就从小肠进入聚集大量细菌大肠。
给无菌小鼠喂食正常菌群，几个星期后，它们仍然不能正常发育，但是如果它们出生时有正常菌群，后来再使用抗生素杀灭细菌（就像人类所做样，这带来灾难性后果），尽管它们仍不健康，但是比无菌鼠发育好得多。
细菌比基因更能准确预测肥胖
肠道细菌及肠道菌落变化，可能是导致肥胖这流行病，以及随之而来糖尿病、癌症、心脏病等严重疾病原因。研究肠道细菌DNA比研究人体全部2万个基因能更好预测人肥胖程度。随着们也开始关注病毒和真菌，预测准确性会进步提高。
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