100万年前，另
具有突破性
变革产生
：用火来烹饪食物（从南非洞穴中发现灰烬证明这点）。这带来无数可能性：煮熟食物毒性降低从而可以减少食物中毒，人们也可以从煮熟食物中快速获取更多能量，重要是，人们再也不用花大量宝贵时间采集食物、大嚼特嚼那些硬邦邦草根和偶尔得来少许生肉。
开始进食煮熟食物之后，人类需要消化液和酶类以及消化时间都减少，肠道也相应变短。肠道消耗能量减少，并且从煮熟蔬菜和肉中获取更多能量，人类大脑体积快速增长，智力增加，猎取肉类这种极好热量来源效率也大大提高。
现存少数几个采猎部落让人们得以观察他们饮食和肠道微生物，从而窥过去祖先们生活。问题是，这样观察和研究会让他们不再与世隔绝。哈扎（Hadza）是生活在位于坦桑尼亚东非大裂谷里早期人类发源地带原始部落。他们由30～50人组成，以灵活群落方式生活，男女分工：男性组成小组打猎，有时也采收蜂蜜，女性则采集植物、浆果、挖掘可食用块茎。不同季节收获也不同：雨季常常两手空空，旱季随着动物纷纷外出寻找水源，猎捕动物也会增多。部落人们基本上吃不到现代加工过食物，没有药更没有抗生素可用。
杰夫·利奇（JeffLeach）是
位同事，他行事古怪，是美国肠道项目发起人之。他和哈扎部落起生活6个月，完全依照他们饮食和生活习惯，想看看他还有他体内微生物能否适应。他与外界唯联系，是用来写每周博客手提电脑上卫星网络信号。
他说，刚到非洲时候，他吃仍然是西方饮食，但他肠道微生物还是发生少许变化。接下来几个月里，他和当地部落居民吃模样。他估计，年中他们可能会吃500种不同动植物，包括斑马肉、大小羚羊（捻角羚和犬羚）、蜂蜜、各种各样根茎和莓果。他采集自身及周围切能收集到样本，却失望地发现，尽管他微生物种类增加，但大部分还是“西方”常见种类，而不是哈扎人身上种类。
亚诺玛米（Yanomami）是生活在巴西和委内瑞拉交界亚马逊雨林深处原始部落，他们生活方式与石器时代采猎者很像。他们沿袭传统生活方式，以百人群居，分散在大约200个村庄里，其中些群落每隔几年就会迁徙。他们不驯养家禽，以多种多样植物维生，主要吃煮熟香蕉和树薯、蔬菜、水果和昆虫，偶尔会捕杀猴子、野猪、鸟类、青蛙、毛毛虫、蛆和鱼。血液检查结果显示，他们脂质水平是所有人中最低，没有人肥胖。[160]两个独立团队历经重重困难，通过中间人得到许可，并准备好合适驱虫剂，在与偏远部落酋长协商之后，终于收集些珍贵粪便样本。结果既新奇有趣，也引人深思。[161][162]
最明显是，与欧洲人相比，部落男性和女性体内微生物种类都要丰富得多。每个部落都有20%不为人所知、特有额外微生物物种。例如，大肠杆菌（研究最为透彻细菌）
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