商店将作为社区
杂货店和邮购站。娱乐活动主管会定期安排播放电影和在附近山区徒步旅行。奥本海默还承诺会有
个提供啤酒、可乐和简单午餐小酒馆，以及个为单身人士准备食堂、个“高档”咖啡馆，已婚夫妇可以在那里约会就餐。
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出于试验所需，他们从密歇根大学订购
两台范德格拉夫起电机，从哈佛大学订购台回旋加速器，从伊利诺伊大学订购台高压倍加器。这些都是必不可少设备：范德格拉夫起电机将用于基本物理测量；作为首台粒子加速器，高压倍加器可用于人工核蜕变实验，即将种元素原子蜕变成另种元素原子。
建设洛斯阿拉莫斯、招募科学家以及为世界首个核武器实验室配齐设备，这些都需要位耐心细致管理者。1943年年初，还看不出奥本海默是这样人，他管理经验至多也就是组织他门下研究生学术讨论会。1938年，他手下有15名研究生，而现在他指挥着数百名科学家和技术人员工作，而且人数很快就会达到数千人。他身边人也认为他个性不适合这份工作。“
在1940年之前就认识他，那时他就有些古怪，或者说简直就是个怪人，他绝不是你想象中那种管理者材料。”罗伯特·威尔逊回忆道。当时威尔逊还是位年轻实验物理学家，正在欧内斯特·劳伦斯手下学习。直到1942年12月，詹姆斯·科南特还在给格罗夫斯信中写道，他和万尼瓦尔·布什“都在怀疑们是否找对负责人”。
虽然约翰·曼利是奥本海默副手，但是这份工作总让他觉得心里没底。曼利回忆说：“无论是他广博学识还是他对日常事务漠不关心都让感到害怕。”曼利特别发愁实验室组织架构问题。“直在烦奥比，因为不知道他要花多少个月才能搞出张组织架构图，也就是责任分工。”奥本海默对曼利恳求置之不理，直到1943年3月天，曼利终于爬上勒孔特厅顶层，推开奥本海默办公室门。当奥本海默抬头看到曼利站在那里时，他对曼利想要什
心知肚明，他抓起张纸，扔在桌子上说：“这是你要那张该死组织架构图。”在奥本海默设想中，实验室分四大部分：实验物理学、理论物理学、化学和冶金学，最后是军械。每个部门小组长都要向部门主管汇报，部门主管则向奥本海默汇报。这只是初步计划。
1943年年初，奥本海默派28岁罗伯特·威尔逊到哈佛大学，由他安排把哈佛回旋加速器安全运到洛斯阿拉莫斯。3月4日，威尔逊来到洛斯阿拉莫斯视察安装回旋加速器地点。他发现这里片混乱，似乎根本就没有时间表，也没有规划和责任划分。威尔逊向曼利抱怨此事，两人都认为他们应该与奥本海默对质。他们在伯克利会面是场灾难：奥本海默怒不可遏，对他们恶语相向。威尔逊和曼利都惊呆，他们怀疑他是否有能力应付眼前挑战。
威尔逊祖上就是贵格会教徒，欧洲战争爆发时，他还是个和平主义者，他说：“所以，当发现自己真参与这个可怕项目时，知道有很大变化。”但是，就像他在洛斯阿拉莫
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