，当时他
胸部X光片证实
他患有肺结核。他还报告“腰骶部劳损”病史：他说，大约每隔10天，他就会感到左下肢轻微阵痛。鉴于上述原因，军医认为他“终身丧失服役能力”。但是格罗夫斯已经吩咐医生奥本海默必须获准履职，所以奥本海默需要签署
份文件，在文件中承认自己存在“上述身体缺陷”，并仍然要求长期服役。
体检结束后，奥本海默请人为自己量身定做套军官制服。此举背后动机很复杂，也许，穿上中校制服等于告诉所有人自己得到社会认可，作为个对自己犹太人血统不自信人，这点很重要。不过，在1942年穿军装也是种爱国行为。在全美各地，人们都穿着军装，这是种原始、有象征意义仪式性行为，它代表着保卫同族和保卫国家，制服就是这种决心公开声明。此时奥本海默心里充满爱国情怀。罗伯特·威尔逊回忆说：“奥比会凝视着远方，然后对
说，这场战争不同于以往任何战争，它为自由原则而战……他确信这场战争是次推翻纳粹和击败法西斯主义群众斗争，他谈到这是支人民组成军队，也是场人民战争……他措辞没有什
变化，仍然是过去那套政治表述，只不过以前洋溢着激进主义气息，现在有爱国主义味道。”
然而，就在奥本海默开始为洛斯阿拉莫斯招募物理学家后不久，他发现他同行们坚决抵制在军纪管制下工作想法。1943年2月，他老朋友伊西多·拉比和其他几位物理学家终于说服他“实验室必须去军事化”。在奥本海默朋友中，拉比是屈指可数几个会在他做傻事时提醒他人。拉比说：“他认为穿军队制服挺好，因为们正在打仗，它会让们更接近美国人民，诸如此类废话。知道他很想赢得战争，但们不能以这种方式制造炸弹。”他“睿智过人，又愚不可及”。
到2月底，格罗夫斯同意个折中方案：在实验室工作期间，科学家们将保持平民身份，但到测试武器时候，每个人都需要穿上军队制服。洛斯阿拉莫斯将会被栅栏封闭起来，并由个陆军哨所把守，在实验室所处“技术区”内，科学家们需向担任“科学主任”奥本海默汇报，陆军将会对社区进出进行管制，但不会干涉科学家之间交流，这是奥本海默责任。汉斯·贝特祝贺奥本海默在与军队谈判中取得胜利，他在信中说：“认为你现在已经获得高级外交学位。”
不只在这个问题上，拉比在其他组织管理问题上也发挥至关重要作用。贝特后来说：“如果没有拉比，就会团糟，因为奥比不想要任何组织体系。拉比和李·杜布里奇（时任麻省理工学院辐射实验室主任）找到奥比说：‘你必须有个管理架构。实验室必须按部门组织，部门下面要划分小组，否则就会事无成。’而奥比，嗯，他在这方面没有任何经验。拉比让奥比更务实，他还说服奥比放弃穿军装想法。”
最令奥本海默失望是他没能说服伊西多·拉比搬到洛斯阿拉莫斯。他非常希望拉比加入，甚至向他提供实验室副主任职位，但拉比不为所动。对于制造炸弹想法，拉比从根本上就
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