，“很多人把他视为智慧和灵感
源泉。作为
个科学家，
对他表示尊敬，但只是没有把他看得那
高大……他可以对你视而不见，让你颜面尽失，而也可能会让他很不痛快。”他们两人个性冲突给内爆设计危机火上浇油，这场危机在那年夏末达到
顶峰，奥本海默宣布要对实验室进行重大重组。
1944年年初，奥本海默说服哈佛大学炸药专家、人称“基斯迪”乔治·基斯佳科夫斯基搬到洛斯阿拉莫斯。基斯佳科夫斯基是个固执己见、意志坚定人，他不可避免地与自己名义上上级德凯·帕森斯上将有过多次争执。基斯佳科夫斯基和尼德迈耶也相处不来，在他看来，尼德迈耶作风太过懒散。1944年6月初，基斯佳科夫斯基给奥本海默写份备忘录，威胁要辞职。作为回应，奥本海默马上把尼德迈耶叫来，告诉他基斯佳科夫斯基将取代他位置。悲愤交加尼德迈耶扬长而去。尽管“久久无法释怀”，但他还是被说服留在洛斯阿拉莫斯担任高级技术顾问。奥本海默没有事先征求帕森斯上将意见就果断地宣布这个人事变动。“帕森斯气坏，”基斯佳科夫斯基回忆说，“他觉得绕过他，简直是肆意妄为。完全能理解他感受，但是平民百姓，奥比也是，不需要经过他。”
失去对军械部门控制让帕森斯异常恼火，9月，他给奥本海默写份备忘录，提议在内爆式核弹项目中赋予他全面决策权。奥本海默温和但坚决地拒绝：“无法给予你你想从这里得到权力，因为也没有这样权力。无论协议上如何规定，事实上，无权自己做出决定，所有决策均需得到实验室那些资深科学家理解和批准，他们是决策执行者。”作为名军人，海军上将帕森斯之所以想获得这权力，是因为他希望用权力压制科学家们学术讨论。“如你指出那样，”奥本海默写道，“你担心自己在实验室职务可能使你陷入漫长争论和讨论，但是这过程中达成共识是开展后续工作基础。无论怎说，都无法将这些讨论视为可有可无。”科学家们必须有争论自由，而奥本海默之所以会在这些争论中出面调停，只是为协助达成共识。他告诉帕森斯：“并不是说实验室应该如此组成，而是事实如此。”
定期到访洛斯阿拉莫斯伊西多·拉比也赶上钚弹设计危机，他还记得当时与该项目些顶尖科学家开过次会，在这次情绪消沉会议中，这些科学家说他们迫切地想要找到种造出钚弹方法。没过多久，他们谈话就转到敌人身上，拉比回忆道：“比如，那群德国科学家都有谁，那些人们其实都认识，还有他们都在做什。们进行整体回顾，审视们自己发展历程，并试图找出他们在哪方面可能做得更高明、在什地方可能比们判断更明智，从而避免这样或那样错误……们最终结论是，他们可能与们不相上下，或者领先些。们都变得很严肃，们不知道敌人手里有什，们不想浪费任何天或任何周。当然，如果浪费个月时间，那可就是场灾难。”正如菲利普·莫里森总结那样，1944
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