如《学隐》《哀清史》等。他常从反清
立场出发审视清代学者对于清z.府态度，认为清代汉学家素怀不与清廷合作之志，意识到“处无望之世，衒其术略，出则足以佐寇”，于是埋首典籍，自晦其行，甘为“学隐”，与那些汲汲于功名、向清廷献媚理学名臣形成鲜明对比。
章太炎自称：“自从甲午以后，略看东西各国书籍，才有学理收拾进来。”在重订本《訄书》里，章太炎广泛吸收域外新知并将其作为自己立论根据。据姜义华老师统计：“《訄书》中直接注明作者与书名，就有英国人类学泰斗泰勒（章氏译作梯落路）《原始人文》，芬兰哲学家、人类学家韦斯特马克《人类婚姻史》（章氏译作‘威斯特马科《婚姻进化论》’），美国著名社会学家吉丁斯（章氏译作葛通哥斯）《社会学》，日本著名社会学家有贺长雄《族制进化论》，日本文学家涩江保《希腊罗马文学史》，语言学家武岛又次郎《修辞学》，宗教学研究者姊崎正治《宗教学概论》。书中引述，还有瓦伊知《天然民族之人类学》，载路《民教学序论》，白河次郎、国府种姓《支那文明史》，远藤隆吉《支那哲学史》，桑木严翼哲学著作，以及培根、洛克、卢梭、康德、斯宾塞等人许多观点。”
例如在《序种姓》中，章太炎借鉴近代民族主义理论，认为：“万物莫不知怀土，而乐归其本。”基于此，他考证古代姓氏谱系，希望建构起
套“纯粹”汉民族演进史迹，以此来凸显“夷夏之辨”，激发人们反清之志。且不说这样论证方式本身就有简单地以近代西方民族主义（包括人种学）理论为根据来审视中国历史之弊，而且在此过程中，章太炎甚至像当时不少知识分子样误信
源自近代西方、在学理上与史实上都站不住脚“中国人种西来说”。不过，在1906年东渡日本之后，随着对于近代西学更为深入认识，特别是意识到后者背后带着强烈帝国主义与殖m;主义意识形态后，章太炎开始检讨自己先前论证方式，并批判“中国人种西来说”。
当然，作为熟悉中国历代典籍之人，章太炎并未在借鉴近代西学时忽视中国历史自身丰富性。在《通法》中，章太炎回顾从周至明政治史，摘取出在他看来值得后世取法之处。他所鉴定历代王朝是否行良政之标准，在很大程度上是以能否有利于民众生计福祉为依据。比如汉制之下郡县多循吏，北魏以降均田制使民有恒产，皆不外乎此。值得注意是，他除对汉、唐这样“盛世”之制度多有认同，对那些在古人眼中地位甚为低下政权，他也努力寻觅出其中良法美意。比如被欧阳修称为“天地闭，贤人隐”五代十国中后梁，他认为晚唐之世，宦官专权，甚至操纵帝位更替，而朱温能从制度设计入手，将此权势熏天团体举打压，故值得称道。此外，被历代史家所痛斥为以篡位夺权、欺世盗名新莽政权，其置“王田”、限财产诸政策，改西汉富者连阡陌、贫者无立锥之状，使得“分田劫假之害，自是少息。讫建武以后，乡曲之豪，无有兼田数郡，为盗跖于民间，如隆汉者矣”。这些举措流芳遗泽，
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