但是，与历代中央王朝统治者不同，李来亨更加重视组织农民屯田。兵屯虽有见效快、组织容易等优点，但广大屯田士兵对土地没有任何权利，收获粮食也全部上交国家。因此，士兵生产积极性不高，国家往往得不偿失。
为
自己
长远统治，李来亨
再对下属官吏说“西域屯政屡丰，如伊犁等处粮贮甚为饶裕，且其地泉甘土沃，并无旱涝之虞，如令甘肃接壤居民，量其道里近便，迁移新屯居各处，则腹地资生既广，而边隅旷土愈开，实为举两得”，要地方官吏设法开导内地穷苦农民到西域屯田安家。
为鼓励内地农民到西域屯田落户，首先，允许北疆屯田士兵移家居住，在当地直接安家。
对安家落户士兵，朝廷规定在四年之内“除原食钱粮外，复支给盐菜银两。……加恩赏给双份，使伊等生计有资”，进行鼓励。
先后到西域落户屯田士兵和他们子弟，逐渐遍布西域各地，都慢慢成为当地居民，为开发边疆作出贡献。
大顺在西域三疆中，对东疆控制力最强，但是最重视地区则是北疆。
因为北疆毕竟是卫拉特人长年游牧地，大量草场便于蒙古人繁衍生息，旦稍有放松，就可能使得蒙古诸部重新崛起，成为顺朝边患。
所以虽然东疆和南疆农业条件，都比北疆好。但李来亨还是力排众议，将安西大都督府治所设置在北疆伊犁。
历代中央王朝统治西域，为养兵，莫不兴办屯田。但是，像顺朝统治西域以后后，天法皇帝如此大力提倡兴办，却前无古人；而屯田规模之大、地域之广、形式之多、成效之显著，更是历代所不及。
汉朝首创西域屯田，其功自不可没，但主要是兵屯，规模也较小，目也仅仅是为解决驻军和过往行人吃粮问题。
其次，也是更主要，是直接迁移内地穷苦农民到西域屯田。西北经略使周祚鼎在安西、肃州二处，“招得贫民百户，情愿携眷”到伊犁屯田。周祚鼎对这批农民，“给以车辆口粮衣服，派员照料起程”，沿途给以各种方便和照顾。
李来亨对杨应琚这措施，特在其奏折上批“好”字，大加称赞。
对到西域屯田农民，朝廷大多给“每户地三十亩，官给籽种、牛具”鼓励进行生产
唐朝在西域驻军较多，在天山南北屯田规模也较大，但唐代在西域屯田总数还不及大顺在北疆区屯田之数。
世祖朝时期，西域有兵屯、民屯、犯屯、回屯和庄屯等多种屯田形式。与历代中央王朝统治者不同，李来亨更加重视民屯，而以回部为主“回屯”和由内地大商人出资建设“庄屯”则是历代中央王朝统治西域时所未实行，实属创新。
大顺收复后西域地区，由于长期战乱，土地荒芜，人口锐减，生产遭到极大破坏。李来亨认为“武定功成，农政宜举”，把恢复西域生产，特别是农业生产当作主要任务。
为解决大批驻军粮食供应，李来亨与历代中央王朝统治者样，首先在南北疆各地组织远征军将士就地屯田。
当时在西域大顺暂留驻军万五千余名中，“屯田之兵居其大半”，可见，屯田规模开始就较大。到安西大都督府时期，仅北疆兵屯已达二十二万七千余亩之多。
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