湖口之败后，湘军元气大伤。曾国藩只好把希望全部寄托在陆师之上，指挥塔齐布、罗泽南两部继续围攻九江，希望能早日攻陷城池。但是九江防守
，两千“精健之卒”，陷于鄱阳湖内；外江水师只剩下运转不灵
大船，“多笨重船只，运棹不灵，如鸟去翼，如虫去足”，丧失
作战能力，陷于被动挨打局面，战争主动权也就随之转移到太平军手中。(7)
太平军从容地对湘军水师发动更大规模袭击。
天晚上，片漆黑，咫尺莫辨，太平军分别从九江与小池口抬出小船三十艘放入江内，携带各种火器，钻入湘军大船船队放火。湘军水师顿时大乱，纷纷逃窜，船只损失无数。曾国藩坐上舢板督阵，不许船只退却，也毫无作用。其情形如同靖港之再现。
更严重是，曾国藩自己座船也被太平军攻占俘获，曾国藩管驾官、监印官全部死亡，船上存放着他带兵历年以来重要文件以及书信日记，至此“文案全失”。连皇帝赏赐他白玉四喜扳指、白玉巴图鲁翎管、玉靶小刀、火镰等东西，都成太平军战利品。连曾国藩自己也差点成太平军俘虏，他在太平军逼近关键时刻投水z.sha，幸被救起。
曾国藩遥望江内船只纷纷溃逃，念及自己花费数年心血惨淡经营起来水师竟遭如此下场，羞愤难当，遂欲效仿春秋时晋国大将先轸榜样，策马赴敌而死。慌得罗泽南、刘蓉等人紧紧抓住马缰，好番拉扯劝解方始罢休。
屋漏偏逢连阴雨，不久，留在九江杨载福水师又遭到风灾袭击，四十条船被完全毁掉，剩下七十多条也破烂不堪，不能使用。这样，湖北武穴以下江面再没有湘军船只，重新成为太平军水师天下。
太平军取得湖口之战胜利，打破曾国藩夺取九江、“克服安庆、直捣金陵”梦想，更让曾国藩陷入漫长困境。
2．曾国藩与胡林翼
太平军在湖口袭击湘军水师成功之后，重新控制长江航道，便分三路上行，发动战略性反攻。咸丰五年（1855）二月十七日太平军三克武昌，湖北大片地区又次落入太平天国手中。曾国藩年多战果得而复失。
这时，曾国藩更加确信上年八月攻占武汉后，不待后方巩固、经济恢复即迅速东下是错误，并在奏折中旧话重提，对咸丰决策提出婉转批评。他说，细思臣等办理错误之处盖有两端：是武汉克复当留重兵驻守，并留战船数千号以为后路声援，稳扎稳打；二是九江未破不应进攻湖口，以致兵力分散，两处受阻。(8)
然而咸丰皇帝不同意这看法，他认为湘军湖口之败仅仅是因为水师舢板冲入内湖所致，即曾国藩指挥上疏忽与无能造成。至于要在武汉留兵驻守，他说那本来没有必要。他说：“所称办理错误之处，如水师冲入内湖，以致声势隔绝，诚不免锐进贪功。至武汉收复未留后路声援节，则其势本有不及，水陆两军全数追剿，犹恐兵力单弱，若彼时即分剿武汉，兵数愈少，刻下更不知如何棘手。曾国藩等既定直捣金陵之计，即着迅速设法攻克九江，合军东下，毋得再存顾虑。”(9)仍命令曾国藩迅速攻克九江，然后合军东下，直捣金陵。这种瞎指挥无异梦呓。
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