回到两江之后，虽远在千里之外，但曾国藩
心仍然悬在“剿”捻战场上。曾国藩对李鸿章全力支持，自始至终为李鸿章积极筹饷献策，尽心尽责。他诚心诚意希望李鸿章能尽快把“捻匪”荡平，因为不管是“曾家”还是“李家”，在他看来都是
家。湘淮体，曾李家，合则两利，离则俱伤，曾国藩是深明这个道理。他对李鸿章说：
来示谓中外倚鄙人为砥柱，仆实视淮军、阁下为转移。淮军利，阁下安，仆则砥柱也；淮军危，阁下危，则仆累卵也。(93)
李鸿章接任之后，军事进展也并不顺利，开始连遭惨败，张树珊败死，成大吉军哗变，号称劲旅刘铭传军几乎被歼。曾国藩心情十分沉重，对赵烈文说，这段时间，“各帅均被斥责”，“辞气严厉，为迩来所无。少帅（指李鸿章）及沅浦胸次未能含养，万焦愤，致别有意外，则国家更不可问。且大局如此
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信中之“新医”，乃曾国藩自况，而病家之指手画脚“妇孺臧获”，则影射太后、小皇帝与其周围奴才们，厌烦之情，溢于言表。慈禧小政变之后，曾国藩对她直表现出种反感情绪。
慈禧和咸丰样，对军事贯是急于求成，对僧格林沁如此，对曾国藩依然如此，有挫败，就想换人。因此才有曾李互易之举。这就让做事贯坚持到底曾国藩不得不接受半途而废局面。
李鸿章北上之时，朝廷并未指明由何人接任两江总督。朝廷上谕要求曾氏病愈后上京陛见，实际上含有另行安置之意。
李鸿章接旨后，即递上奏折，强烈建议曾国藩回任，因为“剿捻全军专恃两江之饷，若经理不得其人，全局或有震恐”(88)。自己在前督师，曾国藩在后筹饷，患难与共，休戚相关，若接替人选不当，诚恐呼应不灵。因此朝廷遂命曾国藩回两江总督本任。
曾国藩不愿意这样做。曾国藩自己想法，是以散员“留营以维系军心”(89)，与军事相始终。曾国藩是个做事追求有始有终人，既然“剿”捻，就定要坚持到最终胜利。劳师无功，遽回本任，在职位上与昔年学生彻底对调，时之间无论面子上还是心理上都难以承受。无奈朝廷坚决不准他以散员留营，他只得黯然南返。
左宗棠闻听此事十分高兴，并且放出口风：“湘淮暗分气类，即从大帅分起。”(90)希望挑动曾李矛盾。朝野上下也出现很多传闻，说曾国藩“剿”捻失败，是因为他无法驾驭和指挥淮军。李鸿章经常干预和掣肘，导致曾国藩指挥不灵。
虽然在回任之时心情确实不愉快，但是作为个有胸襟政治家，曾国藩内心明白李鸿章是最适合接替他统帅人选。曾国藩写信给朋友，对左宗棠说法予以澄清，并致信李氏兄弟，让他们不必心存芥蒂。针对李鸿章初出师不利遭遇言路弹劾局面，曾国藩坚定地表示：“如有大风波，仆自分任其愆，必不使（李鸿章）独当其咎。”(91)
交卸钦差大臣关防后，他在致曾国荃信中特意说明：
淮军入鄂，请弟殷勤款待，视之如家眷属。盖年余以来，诸军虽未立大功，而其听
之话，与听少荃之话实无以异。弟若隔膜视之，则将领或疑平日之不诚。(92)
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