多年之后，土尔扈特部落回归中国，也被安置在这片由于自己
兄弟部落被灭绝而空出来土地上。
乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷手腕。
有清
代，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是种取巧方便办法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那
数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢
。”（《御制喇嘛说》）
从这段谕旨看，乾隆对喇嘛教是不屑顾。但是，终乾隆朝，皇帝对黄教领袖，直极尽尊崇之能事。他把父亲故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教尊崇。他对达赖和班禅提高礼遇规格。为迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建座规模宏大庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中座殿宇顶部镀金，就花去黄金万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德接待更是不计成本，优隆备至。
之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬人而千万悦”。他高屋建瓴，进步树立达赖喇嘛权威，由此拥有确认转世活佛和任命高级教长权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
但是，对于伊斯兰教，乾隆采取完全不同做法。他深知这宗教进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教旦实现政教合，必然爆发强大扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制伊斯兰教活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得新疆稳定。即使以现代政治家标准来衡量，乾隆对边疆问题处理也是十分高明。
乾隆性格中并不缺乏善良、温和面，但他本质毕竟是政治动物。对准噶尔蒙古人屠杀，固然有泄愤因素，更主要却是出于长远考虑。乾隆喜欢做劳永逸、斩草除根事。他认为他有这个能力，也有这个责任，为后世子孙消除所有威胁。
种族灭绝，在他看来无疑是消除西部边疆威胁最彻底、最有效办法。为大清王朝万世永固这个最终目标，他可以做出任何决定，也可以把自己变成头野兽。确实，通过灭绝政策，乾隆皇帝实现对西部中国前所未有牢固控制。
对于整个中华民族来说，这是几千年来中国努力控制西域个完美结果。从汉代张骞通西域开始，天山南北以及巴尔喀什湖带就是中原王朝直努力经营目标。汉、唐、元这三个强大帝国都实现对西域管辖，在这个地方设置过都护府，但是由于距离遥远，风土不同，中央政权直很难在这里建立直接、持久、稳定管辖，因此，西域直是中华帝国版图中最不稳定部分，与内地联系时断时续，对内地臣属也时叛时服。直到乾隆消灭这片草原上最强悍民族，把这片土地命名为新疆，中央z.府才真正在这里建立彻
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